К слову, черная крыса необязательно бывает черной и демонстрирует широкое разнообразие цветовых вариаций. По мнению Хинтона, современная черная крыса является гибридом между александрийской крысой (Rattus rattus alexandrinus) с серым брюхом и коричневой спиной и сицилийской фруктовой крысой (Rattus rattus frugivorous), брюхо которой может быть окрашено любым цветом от белого до коричневого. Теория Хинтона основана на том, что черная крыса появилась в результате мутации, способствующей отложению меланина, и является формой с более темной окраской, которая чаще проявляется у крыс в холодном климате Великобритании и северной Европы, где такая окраска стала доминирующей. Вероятно, именно поэтому первые сообщения о черной крысе как о животном с темной окраской появились лишь в 1600 году, — то есть спустя долгие годы после того, как она вместе с чумой переселилась на запад из Азии. Еще больше осложняет дело тот факт, что с начала 19 века в Англии встречались черные подвиды серой крысы. Возможно, никто не подозревал о том, что окраска настоящей черной крысы может варьировать от черной до темносерой. Часто в одном выводке черной крысы можно наблюдать детенышей черной, серой и коричневой окраски. В 1929 году в университете штата Иллинойс появился образец голубой крысы, которую принято считать мутацией черной.
В наше время этот грызун, имеющий многочисленные названия, как то: корабельная, александрийская, сицилийская, она же фруктовая, древесная или черная крыса, встречается повсеместно, иногда сосуществуя с серой или норвежской крысой, но всегда занимает отдельную экологическую нишу и, хотя часто живет в одном доме со своей серой подругой, предпочитает селиться на верхних этажах, тогда как норвежская крыса поселяется в подвалах и в подземных норах. В Азии, на родине своих предков, черные крысы по-прежнему живут в полях и лесах и сохраняют свою первоначальную окраску — белое брюхо и рыжеватую спину. В Новой Зеландии, куда черная крыса прибыла с первыми поселенцами, она, по выражению одного из натуралистов «развернула наступление» и оккупировала местные леса и плантации. Сицилийская крыса, отличающаяся от нее серой окраской брюха, прибыла в Джеймстаун и расселилась по всему восточному побережью Америки, а затем двинулась на запад. Однако нигде, за исключением тропических районов, черная крыса не добилась численного перевеса над серой, хотя некоторые исследователи утверждают, что ее обширные популяции в этих местах позволяют считать черную крысу наиболее распространенным видом.
В диком виде черная крыса встречается в Средиземноморье, — по сравнению с серой крысой она менее зависима от человека и гораздо чаще селится за много миль от человеческого жилья. Судя по всему, в наши дни она снова возвращается в Англию и другие обжитые места, — человеку куда лучше удается защищать свое жилище от серой, чем от пронырливой черной крысы. Впрочем, в Азии, Европе и США черная крыса значительно уступает в численности своей сопернице и практически вытеснена на юг, в лесистые районы вдоль побережья Тихого океана, в западные области Канады, а также на Гавайи; в Национальном парке «Эверглейд» представители этого вида были замечены на расстоянии семи миль от ближайшего жилья.
Немецкий натуралист Петер Паллас полагает, что в 1727 году огромные массы серых крыс бежали из Азии в Европу, спасаясь от ужасного землетрясения. Они прошли по территории России, переправились через Волгу, — тысячи из них при этом утонули, — и, видимо, вытеснили более мелкую черную крысу дальше Европу. Однако не менее вероятно, что серая крыса проникла в Европу задолго до этих событий, и — этого также нельзя исключить — помогала своему черному собрату распространять Юстинианову чуму. Первые достойные описания серой крысы (не считая римских скульптур с ее изображением, датируемых первым веком) появились в 1730 году в Англии, затем в 1735 во Франции, в 1755 в Америке и в 1800 в Испании. Разумеется, без войны между черной и серой крысами не обошлось. Какие же, должно быть, ожесточенные бои велись в узких, извилистых подземных коридорах! Война этих противников, названная величайшим межвидовым конфликтом в истории, закончилась полной победой серой крысы. Однако закат эпохи черной крысы объясняется не только этим. Большую роль в ее падении сыграло изменение привычной окружающей среды: постепенно исчезали деревянные строения, в которых она предпочитала селиться. Европейские исследователи обнаружили, что там, где все еще можно найти деревянные дома, черная крыса сохранилась. Доки Лондона, Бристоля и Ливерпуля еще долгие годы будут обеспечивать им крышу над головой.