Таким образом, уже в августе 1941 г., через два месяца после начала войны с СССР, в соответствии с личными указаниями А. Гитлера была выработана основа направляющей линии в церковном вопросе на Востоке, которая все же продолжала в дальнейшем дорабатываться вплоть до лета 1942 г. Германские органы власти должны были лишь терпеть Русскую Церковь и при этом содействовать ее максимально возможному дроблению на отдельные течения во избежание возможной консолидации «руководящих элементов» для борьбы против Рейха. Но также ставились задачи пропагандистского использования Православия как духовной силы, преследуемой советской властью и потенциально враждебной большевизму, и применения церковных организаций для содействия германской администрации на оккупированных территориях.
Следует отметить, что к началу войны подавляющее большинство районов Советского Союза оказалось вообще без функционирующих храмов. Такое неестественное положение могло поддерживаться только репрессивными мерами. Как следствие, на оккупированной территории произошел бурный всплеск религиозного сознания343
.В первые месяцы войны с СССР, воспользовавшись тем, что на оккупированной территории еще окончательно не сформировалась гражданская администрация, органы полиции безопасности и СД попытались получить преобладающее влияние на религиозные организации. В своей деятельности они руководствовались прежде всего приказами шефа полиции безопасности и СД, в частности оперативным приказом № 13 от 15 октября 1941 г.: «По распоряжению фюрера оживление религиозной жизни в занятых русских областях необходимо предотвращать. Поскольку в качестве важного фактора оживления христианских церквей следует рассматривать деятельность теологических факультетов или пастырских семинаров, просьба следить за тем, чтобы при открытии вновь университетов в занятых областях теологические факультеты в любом случае пока оставались закрытыми. В дальнейшем следует заботиться о том, чтобы подобным образом было предотвращено открытие пастырских семинаров и похожих учреждений, а недавно открывшиеся или продолжившие свою деятельность учреждения такого рода с подходящим обоснованием в ближайшее время были, соответственно, закрыты»344
.Этот документ является первым примером официального приказа, в котором говорится не просто о нейтральном отношении к оживлению религиозной жизни, а о необходимости препятствовать ему. Массовое стихийное возрождение Русской Церкви на оккупированных территориях СССР начало вызывать тревогу у части германского руководства. Правда, полностью запретить деятельность православных богословских учебных заведений не удалось. Так, в конце 1942 г. открылись Богословско-пастырские курсы в Вильно, а позднее еще в нескольких городах.
Существуют архивные документы о том, что нацистское руководство считало Русскую Церковь (как и Православие в целом) «пронизанной еврейскими догматами» и поэтому планировало создание для оккупированных восточных территорий новой псевдорелигии. В одной из инструкций 1941 г. (раздел «Актуальные задачи в Восточных областях») подчеркивалось, что необходимо «изолировать» духовенство в связи с их взглядами на богоизбранный народ (то есть евреев) и заняться подготовкой новых кадров.