Комиссия была непосредственно подчинена двум высшим «правительствам» – Сенату и Синоду, которые, как мы видели, в организации ее принимали равное участие. В одинаковой степени была подчинена им и деятельность комиссии, доставлявшей им периодически экстракты и доношения о ходе следствия. Вмешательство Синода было ограничено пределами компетенции духовной власти: на основании указа 19 апреля 1722 года комиссия выносила на его решение экстракты, «по которым касалось токмо о богопротивных сборищах» (Д. 1, указ № 102). Поскольку следствие было уголовным, оно подчинено было Сенату, который, например, в сомнительных случаях решал вопрос о розысках (см. Д. 2, указы № 26, 43); его утверждению подлежали уголовные приговоры комиссии (Д. 2, указ № 47).
Случаев вмешательства Синода в действия комиссии известно несколько. На присылаемые комиссией экстракты он нередко делал замечания, требуя исправления усмотренных в ней промахов, направляя по своим указаниям ведение того или другого подследственного дела: указов такого специального характера дошло до нас не менее одиннадцати (Д. 1, указы 142, 152, 291, 600, 649; указы от 7 апреля и 3 июля 1746 года о составлении форм показной присяги для юрода Андреяна Петрова и Варлаама Шишкова № 3, Л. 92–93; от 21 августа того же года о присылке копий расспросных и пыточных речей лжеучителей, бывших под следствием в тайной канцелярии № 75; указ от 8 декабря 1747 года по делу о переяславских хлыстах № 80, Л. 892–894; от 24 декабря – по делу о Сергее Осипове № 67, Л. 124; от 30 января 1749 года о изобличении лжеучителей от Священного Писания № 66, экстракт № 95). Предписаний, имевших общее руководственное значение, было менее. К числу таковых следует отнести: инструкцию духовным членам комиссии, о которой упоминает в указе от 17 марта 1745 года (Д. 1, указ № 15), указ от 9 марта того же года, которым повелено было: 1) производить всем вступающим колодникам допросы по составленным Синодом пунктам и 2) «усматривать накрепко, чтоб кто из последователей оной ереси под какою защитою и фальшем достойного суждения гонзнуть [избежать –
Тайной канцелярии комиссия была подчинена, по-видимому, только пока следствие производилось в Тайной конторе. Данной советнику Казаринову инструкцией предписывалось присылать в Тайную канцелярию экстракты со мнениями для решения, но на посылку таких экстрактов нет никаких указаний в сохранившихся делах (указ № 3, Л. 123).
Что касается до судопроизводства комиссии, то, благодаря относительному обилию данных, характеристические черты его выступают перед нами яснее, нежели в процессе 1733–39 годов. Не останавливаясь на общих обоих процессам обычных приемах уголовного следствия, отметим здесь те черты, сообщавшие комиссии ее отличительную физиономию.