В первом процессе функции духовных членов были весьма незначительны, во втором – они гораздо обширнее и имеют очень определенный характер. Роль, в которой выступают представители церкви, чисто служебная; все действия их имеют значение по преимуществу процессуальное, служат средством добывания новых данных для следствия. Состоявшие при комиссии священники увещевали колодников по данной из комиссии инструкции после первого расспроса. Из рапортов, подававшихся ими, видно, что целью этого увещания было главным образом добиться дополнительных показаний: убеждая подсудимого от Священного Писания отречься от ереси и обратиться к церкви, увещатели, «смотря расспросных речей», требовали и указания лжеучителей и согласников и пополнений к расспросу; показания, даваемые при увещании, тут же записывались копиистом (Д. 91, дело 41). Увещание это, собственно говоря, служило введением к процедуре в светском суде: в случае неуспеха его, т. е. неполной повинки подсудимого против всех взведенных на него обвинений, он «отдавался к светскому суду», который и приступал тотчас же к розыску. Но и после предания светскому суду увещания повторялись, иногда – все с той же целью. Таких случаев известно несколько: увещаемы были заболевшие колодники при исповеди (Д. 67. Л. 3, Д. 42. Л. 7 и Д. 66. Л. 81), не винившиеся на очных ставках с Сергеем Осиповым в принятии от него хлеба и воды с частицами тела и крови младенца (Д. 67. Л. 207), лжеучители: Григорий Артамонов (по распоряжению Синода, см. Д. 80, Л. 892–894) – в 1747 году, Сергей Осипов и Андреян Петров – в 1749 году (Д. 95, Д. 100. Л. 326).
Подобное же процессуальное значение имела церемония принесения покаянной присяги лжеучителями пред собранием колодников 16 июля 1746 года. Форма этой присяги, содержавшей в себе исповедание заблуждений и предание секты анафеме, была составлена духовными членами комиссии на основании указов от 7 апреля и 3 июля 1746 года о приводе к присяге Андреяна Петрова и Варлаама Шишкова, которые должны были «во удовлетворение пред Богом за свои прегрешения» исповедать: «что один юродствовал пред людьми притворно. А между тем и сквернился, валяясь с некими женами в блудодеянии, а Шишков (который был оных богопротивных сборищ и ересей возобновитель), – что он ту ересь между невеждами паки начал рассевать и тем богопротивным действиям других обучал, утверждая, якобы, те богопротивные действия их были столь душеспасительные, что един только то путь лежит ко спасению, и что якобы ж Дух Святой на них во время тех их непотребных мольбищ сходил и говорили будто ж странными языки со предпринятых бессловесных вымыслов своих единого ради богомерзкого и душепагубного лакомства своего, все ложно, и обманно на Духа Святого все лгали, а они бормотали и лепетали, и сами что не знают»; духовным членам комиссии было предписано проследить впечатление, какое имел произвести на собранных колодников этот торжественный обряд «удовлетворения» (Д. 3. Л. 92–93). К присяге приведены были Шишков, Андреян Петров, Яков Фролов и Дмитрий Ефимов (Д. 3. Л. 104–105, Д. 36. Л. 195); содержание присяги, в основе тождественное с формой, изложенной в указах, несколько изменялось сообразно с родом вины лица, которое должно было произносить ее (см. Д. 3. Л. 94–95), и эффект оправдал до известной степени расчет Синода: многие по примеру учителей предали ересь анафеме (все ли собранные – неизвестно), из упорствовавших повинились против уговоров не менее 16 человек.
Другая отличительная черта деятельности комиссии – это крайняя суровость светского суда. В 1747 году розыски проводятся «едва не по вся дни», и комиссия находит необходимым постоянное присутствие при ней двух заплечных мастеров, которых и требует настоятельно из Сыскного приказа (Д. 91. Л. 53).
Неудивительно, что деятельность комиссии производила удручающее впечатление на общество, особенно в низших слоях, тем более, что аресты производились весьма неразборчиво и в руки ее легко могли попасть люди, неприкосновенные к делу. Полковник Ушаков, производивший аресты по указыванью Федора и Федосьи Яковлевых, в феврале 1745 года захватил по ошибке в Ивановском монастыре старицу Александру Данилову, которая была освобождена из комиссии только год спустя (Д. 7); Иван Каин арестовал одного крестьянского мальчика единственно с целью получить от отца выкуп за него (Д. 21).