Когда после окончания арабской экспансии армяне создали на короткое время самостоятельные государства во главе с Багратидами на восточной границе Византийской империи, императоры Константинополя вели ту же церковную политику, что и их предшественники. Многочисленные армянские иерархи, богословы, учителя и художники в эпоху Багратидов воспринимали импульсы имперской церкви в области богословия и церковной жизни, но не были готовы заменить традиционные формулировки веры их церкви на формулы греко-латинских соборов. Когда взятием Ани в 1046 г. византийцы покончили с самостоятельностью последнего из армянских княжеств, они вновь предприняли попытку обратить силой инаковерующих армян
. Несмотря на печальный опыт, полученный при этом армянами, в следующем столетии армянские католикосы прилагали усилия к тому, чтобы быть принятыми в общение с византийцами. К этому они хотели прийти путем соборных обсуждений. Католикос Нерсес Шнорали (1166-1173) в поисках компромисса занял позицию, являющуюся образцом и для нынешних экуменистов; он направил императору послание вследствие случившихся в недавнем прошлом неприятных происшествий, в котором подчеркивал, что все, что накопилось в сознании за столетия разделения, следует преодолевать с большим терпением. В качестве знака своей доброй воли император мог бы, прежде всего, дать армянам мир в империи; он мог бы попросить клириков и весь народ прекратить конфессиональные распри с армянами и покончить с насилием в отношении их; нехалкидоняне, которые спасались бегством от врагов Христа, не должны страдать от преследований и в империи; восточных людей можно было бы склонить к единству, если бы греки не неистовствовали против их церквей, алтарей, крестов и священников еще больше, чем это делают неверующие, потому что не сила, но лишь добро и любовь ведут людей к Справедливому. Но Византия и имперская церковь еще не были готовы отказаться от стремления к превалированию. Соборные обсуждения, которых добивался Нерсес, так и не состоялись, и поиски единства были заморожены.Глубокие раны были нанесены Константинополем сирийцам, о чем скорбит патриарх Михаил Сириец (1166-1199), один из известнейших богословов, историков и иерархов Сирийской церкви. Он записал то, что передавало народное предание столетия спустя о мерах императора Ираклия (610-641) после отвоевания Месопотамии. Рассказ при передаче от поколения к поколению, несомненно, дополнялся преувеличениями. Но длившаяся столетия передача его свидетельствует о том, что эти события глубоко запали в памяти сирийцев.
Хроника патриарха гласит: «Он (император) отдал письменный приказ повсюду в империи тем, кто не признает Халкидонского собора, отрезать носы и уши, а дома их должны быть разрушены. Эти преследования продолжались долго, и многие монахи... приняли Собор и завладели большинством церквей и монастырей. Ираклий не разрешил правоверным (имеются в виду противники Халкидонского собора) предстать перед ним и не слушал их жалоб о разграблении их церквей. Бог справедливости, который всемогущ... — из-за подлости византийцев, которые всюду, где властвовали, жестоко разоряли наши церкви и монастыри и нас безжалостно угнетали, — привел из Южной страны арабов, чтобы мы, благодаря им, могли спастись от византийцев... В самом деле для нас было большое счастье, что мы (благодаря мусульманам) освободились от жестокости византийцев, от их подлости, от их ненависти, от жестокого фанатизма в отношении к нам, и что теперь у нас есть покой».
Как показывает цитата, интеграционная политика императора имела плодом то, что сирийцы предпочли мусульманское господство византийскому. О том же самом свидетельствуют копты. Острогорский, занимаясь исследованием вопроса об окончательном взятии Александрии арабами, которое произошло вскоре после смерти Ираклия, тотчас после короткого возвращения её императором Мануилом, в 646 г., писал, что «коптское население Александрии во главе с монофизитским патриархом Вениамином охотно подчинилось арабам и выражало свою покорность в различных формах, этим еще раз обнаруживая, что они предпочитают арабский гнет византийскому».