Однако развитие политических событий в Молдавском княжестве вскоре оттеснило вопрос об унии, хотя принципиальное расхождение во мнениях, возникшее между Молдавской и Римской церквами, не привело к конфликту. Молдавская уния так и осталась только проектом. Так же не было дано четкого разъяснения термина «reliquiae tenebrarum», которым в Риме обозначали некую «запятнанность» Молдавской церкви. Что же имелось в виду, так и осталось невыясненным.
Восточнославянский христианский мир, для которого некогда в Константинополе была учреждена «митрополия Киева и всея Руси», к середине XVI в. разделился на три государства: Московское государство, Литву и Польшу. В Великом княжестве (с 1547 г. — царстве) Московском церковь была государственной, После крушения Константинополя и прекращения существования христианской империи она самовольно вышла из подчинения Константинопольского патриархата и с 1461 г. стала называть себя митрополией «Москвы и всея Руси» и управляться самостоятельно как автокефальная церковь. Как упоминалось выше, в Риме со времени правления Льва X (1513-1521) носились с мыслью дать этой церкви патриаршее достоинство. В 1589-1593 гг. греческие церкви возвели Московского митрополита в ранг патриарха, урегулировав остававшийся почти полтора столетия неясным канонический вопрос, и таким образом церковь в Русском государстве получила полную самостоятельность. Большая часть восточнославянского христианского мира жила тогда под властью латинских правителей в двух странах, Польше и Литве, связанных сначала династическими узами, а в 1509 г. объединенных Люблинской унией в единое государство, Польскую Речь Посполитую. Восточные христиане Литвы и Польши оставались в юрисдикции Константинопольского патриархата в рамках «митрополии Киева и всея Руси». В обоих государствах латинская церковь была государственной, и церковь восточная обладала меньшими правами. Граница между Польской Речью Посполитой и царством Московским оказалась, таким образом, границей между новым Московским патриархатом и его церковью-матерью — Константинополем.
Хотя в Великом княжестве Литовском латинская церковь и была государственной, численное соотношение между латинскими и русинскими верующими было в пользу последних; в Польше же наоборот — латинян было большинство. То, что со времени объединения 1569 г. общегосударственное численное соотношение групп населения стало решающим для общественной жизни вообще, привело в церковной жизни Литвы к изменению в пользу латинян, а в Галиции — в пользу русин. Предусмотренное союзом уравнивание правовых норм обоих бывших государств заставляло идти к новому правовому порядку в новом государстве, а значит, стремиться к законному регулированию отношений между латинской и русинской церквами. В соответствии с мышлением того времени, когда церковная принадлежность оказывала влияние на гражданские права, это означало определить правовые отношения для клира и верующих «латинской» и «греческой» традиций в общем государстве. Политическая уния 1569 г. привела к тому, что потребовался и новый церковный порядок.
Для этого были и культурные причины. Польское и Литовское государства всегда принадлежали к «латинскому» культурному пространству. Здесь очень рано проявилось влияние новых течений Возрождения и Реформации. Уже около середины XVI в. реформатская церковь получила достаточно большое распространение среди влиятельных кругов Польши и Литвы, так что даже казалось, что церкви латинской и византийской традиций здесь будут оттеснены и вся страна будет кальвинистской. Но в последней трети столетия на латинской стороне иезуиты, которые в 1564 г. в Польше, а в 1569-м в Литве основали свои отделения, начали успешное контрдвижение. Они сумели вернуть западноевропейской церкви потерянные области и воспрепятствовать переходу верующих в протестантизм.
Со своей стороны, русины стали организовывать братства, объединявшие ремесленников и мелких буржуа, которые выступили в защиту традиционного наследия своей церкви. Поскольку они не обладали собственным опытом борьбы с протестантизмом, они ориентировались на успешный пример иезуитов. Последние в особенности могли служить образцом в деле образования. Братства создавали школы, в которых, несмотря на сопротивление консервативных кругов, боявшихся западного влияния, латинский язык был с самого начала обязательным предметом. Это было неизбежно, так как иначе студенты не могли освоить государственный язык культуры и управления. Поскольку они увидели, что у латинян многое наработано в полемике с протестантизмом, то учебные программы братских школ Польши и Литвы вскоре стали испытывать на себе влияние учебных программ иезуитских школ. Поэтому неудивительно, что там зачастую использовались учебники, написанные иезуитами. Латинским языком, на котором они печатались, учащиеся уже владели.