Но, как уже говорилось, после Тридентского собора появилась другая концепция унии. Иезуиты в Польше и их ведущий богослов Петр Скарга, чем дольше, тем отчетливее защищали ту точку зрения, что истинная потребность спасения для христиан состоит в попечительстве верховного пастыря в Риме, преемника апостола Петра. Эта посттридентская концепция, которая уже при Сиксте V проявилась в ответном послании Рима Молдавской церкви и теперь была принесена иезуитами в Польшу, проникла там и в русинские круги. Масштабы и темпы ее распространения в Польше на рубеже XVI и XVII вв. еще требуют изучения. И если в то время эта экклезиология распространилась далеко не среди всех латинян и лишь среди меньшинства русин, то позже она стала характерной для всей латинской церкви. В главе о влиянии новой экклезиологии на поиски зримого единства об этом будет идти речь подробно.
В Риме делегаты Киевского собора столкнулись с такой концепцией унии, которая выдвинула на первый план проблемы юрисдикции и вообще очень сильно отличалась от концепции отечественных соборных обсуждений. Для киевлян было важно, что самостоятельные церкви, до сих пор жившие в расколе, преодолеют их взаимные отношения и возобновят общение в таинствах. В Риме дух тридентской реформы подсказывал другое понимание унии, которое заключалось в том, чтобы заполучить целиком и полностью в подчинение Рима русинские епархии и вместе с другими католическими епархиями включить в процесс обновления, начатый Тридентским собором и совершающийся под руководством римского первоиерарха. Римляне считали, что для единства слишком мало возобновления общения в таинствах, они полагали, что нужно поставить приходящие епархии под непосредственное пастырское руководство Рима. К тому же в Риме при Клименте VIII (как при Пие IV, Пие V и Сиксте V, но иначе, чем при Бенедикте XIII) своеобразие церкви, не находившейся под пастырским руководством папы, считалось подозрительным, если не вовсе еретическим и, во всяком случае, нуждающимся в предписанной Римом неотложной корректировке. Для соответствующего институционального включения людей Востока в Римскую церковь и для инструкции по направлению заблуждений и ересей в церковной жизни в Риме в ту пору пользовались концепцией, разработанной на обсуждениях относительно итало-греков. В булле об унии «Magnus Dominus», в которой папа Климент VIII санкционировал унию славян с Римом, торжествует концепция, которая не только не имела ничего общего с 33 пунктами, разработанными киевскими епископами, но излагала иную, римскую, точку зрения на события, которые привели к унии.
Булла не знает никакой Киевской митрополии и не упоминает ни единым словом о том, что был собор, ходатайствовавший о воссоединении. Напротив, в документе говорится в отдельности об архиепископе Михаиле (титулование которого митрополитом прилагается так, будто речь идет исключительно о почётном титуле, как у так называемых патриархов на латинском Западе), его епископах, его клире и народе. Таким образом, булла не отвечает на постановление собора и обращается не к церкви, а к отдельным епископам. В булле подчеркивается, что каждый хочет унии и что от имени каждого из них в отдельности делегаты изложили символ веры. Делегаты, которым на основании сделанного ими признания римского вероисповедания были лично великим понтификом прощены все согрешения, были уполномочены после возвращения домой по поручению папы передать прощение архиепископу, епископам и всем клирикам и мирянам. Таким образом, папская булла санкционировала не воссоединение церквей, а принятие в каноническое общение с Римским престолом отдельных епископов, клира и верующих. Рим был далек от того, чтобы признать традиции восточнославянского христианского мира. Более того, неоднократно и очень настойчиво документ повторяет требование избавления от заблуждений, которых, как говорится в булле, до сих пор придерживались в Киеве. (Правда, заблуждения эти не конкретизируются.) Затем булла предоставляет принятым в единение с Римским престолом христианам как дарованную папой привилегию
право придерживаться в литургии прежних обычаев. В 1595 г. в Риме были далеки от мысли, что Киевская церковь, которая обладает собственной канонической традицией и основанными на ней обычаями, обратилась к папе и латинской церкви с ней следует говорить как с церковью-сестрой.