Конгрегация по распространению веры избрала его в 1674 г., во время пребывания епископа Торосовича в Риме, заместителем последнего с правом преемства. Но епископ Торосович опасался возражений против него в своей епархии, потому что были нарушены традиционные избирательные права. Лишь с большим трудом смогли в Конгрегации уговорить его, чтобы он ещё в Риме рукоположил кандидата в епископы. Когда епископ и его заместитель вернулись в октябре 1675 г. во Львов, на деле оказалось, что Вартану Хунаняну было трудно утвердиться. Уже в июне 1676 г. он покинул город под предлогом посещения областей епархии, занятых турками. Но он проехал дальше и прибыл в 1678/79 гг. в Эчмиадзин. Католикос Яков IV разрешил ему, избранному и рукоположенному в Риме епископу, пастырскую деятельность. Но католикос Елеазар, сменивший в 1682 г. Якова IV, распорядился взять Вартана Хунаняна под стражу, потому что он отвергал литургические новшества, к которым тот склонялся под давлением Рима. Лишь после ходатайства не только папы, но и польского короля перед персидским владыкой Вартан Хунанян был, наконец, освобождён и смог вернуться во Львов, где стал преемником умершего 24 октября 1681 г. епископа Торосовича.
С этого времени уже не было сомнений в унии львовских армян.Епископы обеих стародавних русинских епархий Львов (Галич) и Перемышль возглавляли те круги, которые в 1596 г. собрались на антисобор и отвергли Брестскую унию. Именно их епархии, которые имели опыт долгого соседства с латинянами, остались в стороне. Лишь на рубеже XVII и XVIII вв. и эти епархии склонились к унии. Их обращение к ней, разумеется, было более решительным, потому что оно было достигнуто благодаря активной пастырской деятельности монахов-базилиан. Тогда как во время Брестской унии сначала были приняты юрисдикционные документы, а затем требовалось их принятие епархиями, приходами и монастырями; когда Галиция вступила в унию после целого столетия отказа от нее, обстоятельства были другими. Вступление состоялось лишь тогда, когда было обеспечено общее согласие.
Чтобы не вызвать взрыва неудовольствия, оба епископа заключили свою унию втайне и публично признали свою приверженность к ней лишь тогда, когда можно было ожидать широкого признания. Епископ Сумлянский из Львова подтвердил свой символ веры 17.3.1677. Но лишь в 1700-м он получил разрешение синода своей епархии на заключение унии и известил короля о своем желании привести епархию к унии. Для этого он предпринял инспекторскую поездку. В марте 1701 г. 1186 приходов его епархии присоединились к унии. Восьмидесятилетний епископ Антоний Виницкий из Перемышля хотел сделать преемником своего племянника Иннокентия. Поскольку тот обещал привести епархию к унии, король его утвердил, и он был в 1680-м рукоположен. Во время сейма 1681 г. он произнес латинский символ веры, а в 1685-м заявил открыто о своей готовности к унии и добился в 1691 г. решения епархиального собора о согласии с ним. Но нунций и Рим на всём протяжении его жизни сомневались в его искренности. Лишь наследовавший ему брат его Георгий (1700-1713) добился полного доверия Римской курии.
Из-за постепенного врастания обеих епархий в унию не создалось никакого конфессионального фронта. Не возникали униатские общины параллельно с неуниатскими. Присоединение галицийских епархий к унии, таким образом, не только не нанесло ран, но даже привело в известном смысле к исцелению. Когда этот процесс был закончен, и это торжественно отмечалось на соборе в Замостье
в 1721 г., по крайней мере, в Польше, за это время значительно уменьшившейся, восточно-славянские христиане, которые с 1595/96 гг. были разделены на две церкви, вновь были объединены в одной. Правда, они были разделены с восточно-славянскими христианами по другую сторону границы, и это не только по духовным причинам, но больше потому, что Русская церковь проводила русификацию по большей части и по национальным мотивам.III. После перемен в экклезиологии
1. Послетридентское воззрение побеждает