Когда в XVIII в. создание и расширение особых общин стало целью деятельности католических миссионеров, в Армянской церкви существовали разные высшие инстанции. Кафедра «верховного католикоса» находилась в Персии; в Сирии находился преемник заключивших в своё время унию с Римом католикосов Малой Армении, которые, однако, за время, прошедшее после Флорентийского собора, отошли от унии; в Иерусалиме также возник армянский патриархат, ибо, чтобы предохранить армян Святой земли от вовлечения в военные конфликты между египетскими мамелюками и малоармянским королевством, настоятель тамошнего армянского монастыря св. Иакова в 1311 г. с помощью султана добился повышения своего статуса до патриарха; к тому же в Константинополе в 1461 г. завоевателем Мехметом II был учрежден армянский патриархат и посажен патриарх, который считался турками государственно-правовым главой всех армян Османской империи. В соответствии с этим создание и армянских униатских церковных структур происходило в различных регионах по-разному.
В Сирийском католикосате в 1737 г. образовалась вакансия на место первоиерарха, и те, кто уже считал себя униатом, хотели возвести в католикосы одного из своих кандидатов, а именно архиепископа Абрахама Ардзивиана. Абрахам был в 1710 г. посвящен в архиепископы Алеппо благорасположенным к Католической церкви католикосом Петром, который при посвящении не требовал от первого осуждения халкидонских постановлений. Однако униаты не сумели использовать своё преимущество. Прежде чем они смогли действовать, их противники уже провели своего кандидата по имени Михаил (1737-1758). Абрахам вначале был вынужден даже оставить Алеппо и смог вернуться в свою епархию лишь в 1739 г. После его возвращения униаты добились, наконец, того, что им не удалось в 1737 г., так как после окончательного римского запрета на «communicatio in sacris» они не желали подчиняться не принимавшему унию католикосу Михаилу. При участии двух греко-католических епископов Абрахам Ардзивиан посвятил в сан трёх новых армянских униатских епископов, и соборно, вместе с 40 священниками и 14 представителями мирян, они избрали его в ноябре 1740 г. католикосом-патриархом. Из почтения к Святому престолу Абрахам принял вдобавок имя Пётр.
После своего избрания католикосом-патриархом Абрахам Пётр не смог остаться в Алеппо и вынужден был эмигрировать в Ливан. Оттуда он выехал в 1742 г. в Рим и получил от папы Бенедикта XIV паллий. Акты консистории в Риме говорят, что патриарший престол ко времени его избрания был свободен. Или католикос Михаил, не признанный местными католиками, воспринимался и в Риме как юридически несуществующий, или в Риме были неверно информированы. Во всяком случае, папа хотел поставить одного главу всей патриаршей Армянской церкви в Киликии, о чём свидетельствует его послание. Но большинство верующих осталось с Михаилом, и избрание Абрахама Петра создавало параллельную иерархию в Киликии.
Казалось бы, вопрос о духовной юрисдикции над армянами-униатами был решён награждением Абрахама Петра паллием; но его государственно-правовое положение в Османской империи продолжало оставаться неясным, так как Абрахам Пётр не получил назначения от султана; он и его преемники вынуждены были оставаться в отдалённых горах Ливана, и у их приверженцев не было публичной правовой защиты. Армяне-униаты из Киликийского католикосата лишь тогда получили государственно-правовое признание, когда было принято решение и о константинопольских армянах-униатах, и Рим объединил оба округа под единой духовной юрисдикцией, и это вынудило османское правительство признать за униатами-арианами публично-правовой статус.
В Константинополе в 1830 г. было достигнуто соглашение с Высокой Портой о том, что у армян-униатов должно сохраняться собственное руководство. В первые десятилетия XIX в. против униатов предпринимались преследования со стороны тамошних ортодоксальных армянских патриархов, как это документально изложил Инглизиан в своей истории венского мхитаристского монастыря, основанной на документах из архивов австрийских дипломатов. Представители европейских государств выступили в защиту свободы совести перешедших в католичество армян и добились согласия турецких властей на то, что епископ, признанный католическими армянами Константинополя и посвящённый в Риме, должен был быть признан их верховным национальным главой. В качестве возможного кандидата на этот пост австрийским правительством было предложено обсудить кандидатуру архимандрита венских мхитаристов архиепископа Аристакеса Азарьяна. Хотя его назначение армянких униатов Константинополя и не удалось, проект юридически признанной иерархии вполне мог быть тогда осуществлен. С тех пор начался поистине бурный исторический путь этого нового учреждения армян, принявших унию.