Как пишет один из исследователей: «Флорентийская уния с коптами, которая была заключена в 1442 г., осталась без всякого практического применения. Многочисленные переговоры с коптскими патриархами в 16 и 17 веках не привели ни к каким существенным результатам. Коптские патриархи хотели единения в любви, однако они не были готовы полностью подчиниться Святому престолу, к чему их надеялся склонить Рим, не желали они отказаться от тех собственных обычаев, которые находились в противоречии с римскими. Надежда прийти к всеобъемлющей унии путём переговоров с патриархами часто оказывалась иллюзией».
Благодаря деятельности миссионеров с 1720 г. увеличилось число переходов в Католическую церковь. В августе 1739 г. архиепископ Афанасий, носивший титул Иерусалимского, но чаще живший в Каире и бывший генеральным викарием патриарха, в присутствии двух коптских священников, получивших образование в Риме, тайно признал католический символ веры. Бенедикт XIV в августе 1741 г. предоставил ему юрисдикцию над всеми коптскими католиками. Их в ту пору насчитывалось около 2300 человек. Поскольку Афанасий не порвал отношений и с некатоликами, он вскоре был объявлен «вернувшимся в схизму», и в июне 1744 г. папа назначил генеральным викарием для коптов-католиков одного католического коптского священника. В 1748 г. этот священник умер, и духовная власть над коптами-католиками была передана аббату францисканцев, то есть латинянину.
В 1758 г. коптский архиепископ Антоний Фулаифил перешел в католицизм. В 1761 г. он был назначен первым апостолическим викарием для коптских католиков. С него начался непрерывный ряд коптских апостолических викариев, некоторые из которых, правда, не имели епископского посвящения. В 1824 г, папа Лев XII (1823-1829) «на основе неверной информации пришел к убеждению, что вице-король Египта Мохамед Али будто бы хотел основать католический коптский патриархат. 1 августа 1824 г. Лев лично посвятил в епископы Абрахама Хачура, совсем молодого воспитанника Конгрегации пропаганды веры. Он должен был поехать в Египет и там посвятить в епископа и патриарха апостолического викария коптов Максима Гуаида. Несколькими днями позже, 15 августа, буллой „Petrus Apostolorum Princeps“ папа учредил католический коптский патриархат Александрии, после чего он объявил упразднённым существовавший только фактически, но не юридически некатолический патриархат. Обман, жертвой которого стал папа, вскоре обнаружился, и основание коптского патриархата осталось на бумаге. На протяжении XIX столетия коптская католическая община развивалась в сравнительно благоприятных условиях, так что в конце века Лев XIII (1878-1903) счел время подходящим для того, чтобы дать ей своего патриарха, чтобы таким образом увеличить для некатоликов притягательную силу католического единства... Булла об этом установлении датирована 27 ноября 1895 г.».
Коптская католическая церковь ведёт свое происхождение не от заключения унии. У её начала единичные переходы в католичество. Когда число их достигло определённых величины, была создана коптская католическая иерархия, ставшая местной церковью. Так был открыт путь, до XVIII в. ещё неизвестный, возникновения новой, связанной унией с Римом, восточной церкви; он повторялся неоднократно в последующее время. События такого рода способствовали тому, что в широких кругах общественности понятие «уния» приравнялось к понятию «прозелитизм».
Новая местная церковь была создана Римом на территории коптского патриархата, а это, если следовать канонам древней Церкви, не должно было иметь места. Но коптский патриархат определялся, согласно экклезиологии, господствовавшей в упомянутое время в Риме, как нецерковь, которой, само собой разумеется, не полагались патриаршие права. Вызванная к жизни Римом местная церковь была римским распоряжением наделена правом следовать коптским традициям.
Наконец-то, правда опять из Рима, её главе было дано право носить титул патриарха.