Как и во всех областях, вверенных ее попечению, Священная Конгрегация пропаганды веры создала иерархические структуры для латинских общин в странах восточного христианства; вначале это были преимущественно апостолические викариаты. И. Бекманн характеризует развитие миссионерской деятельности Католической церкви при Григории XVI (1831-1846) как «реставрацию миссионерства» после Просвещения и эпохи Наполеона, делая вывод, что этот папа придал новый импульс всей миссии. К этому его меньше всего побуждали какие бы то ни было стратегические миссионерские соображения; он был гораздо больше, и, прежде всего, вынужден современными событиями, если не сказать, что он находился под их давлением. «Система апостолических викариев, которую робко начали создавать его предшественники, во время его понтификата была превращена в настоящее правило... Благодаря учреждению апостолических викариатов, число которых в период следующих понтификатов возросло еще значительнее, вся миссия была обновлена, т.е. она приобрела почти неизвестную до сих пор структуру». Из них с течением времени образовались, как повсюду в областях миссионерства, так и для перешедших из православия, полноправные епархии.
Особый случай представлял собой Иерусалим. Ещё в период древней Церкви там существовала латинская церковная жизнь. Как известно, даже значительная работа над Вульгатой, латинским переводом Библии, была проведена в Святой земле. Но тогда латинские христиане, долго ли, недолго ли находившиеся в Палестине, подчинялись патриарху Иерусалима. И крестоносцы придерживались ещё того правила, что единственный патриарх Иерусалима ответствен за всех греков и латинян Святой земли вместе, и, согласно девятому правилу IV Латеранского собора, в одном и том же городе не может быть двух полноправных епископов.
Хотя после завоевания Палестины мусульманами новые хозяева поддерживали греков против латинян, но ради дипломатических, торговых и политических интересов они вынуждены были оглядываться на западноевропейские нации, которые хотели и впредь быть представленными в святых местах. Оттого латинское духовенство, хотя и было ими потеснено, но не совсем изгнано из Иерусалима. Это далось новым мусульманским властям тем более легко, так как кроме священства, пришедшего с войском крестоносцев вооруженным, мирные францисканцы и доминиканцы проследовали за ними в государства крестоносцев. В 1217 г. св. Франциск сам назначил первого провинциала францисканской провинции в Святой земле, и тамошний доминиканский провинциал стал главным ответственным за
В 1516 г. османы прогнали мамлюков из Палестины и завладели Иерусалимом. Тогда францисканцы нашли защиту у французов, так как Франция была в союзе с османами против дома Габсбургов. Туркам было легко оказать своим французским союзникам любезность и принять сторону францисканцев в споре о компетенции в отношении святых мест; счета оплачивали не они сами, а Иерусалимский патриархат. Это привело к тяжёлым последствиям. Францисканцы добивались всё большего влияния на местных христиан, и число тех, кто искал у них духовной помощи, возрастало, и к XVII в. дело зашло так далеко, что некоторые иерусалимские патриархи только посещали Палестину от случая к случаю, предпочитая находиться главным образом во владениях, которые дарили им в поддержку патриархата православные народы Юго-Восточной Европы.