С начала 1944 года Хрущев не раз писал Сталину, что силы националистов и их поддержка преувеличена. В ноябре 1944 года он утверждал, что националисты на грани распада. В то же время Хрущев выступал за принятие самых жестких мер в подавлении бандеровцев. В письме Сталину Хрущев предлагая расстреливать бандеровцев трибуналами НКВД и вешать после публичного суда. В январе 1945 года Политбюро Украины приняло решение использовать зимние месяцы для ликвидации националистического движения. В феврале 1945 года был назначен срок для разгрома бандеровцев – 15 марта 1945 года. Однако выполнить это обязательство не удалось. Бандеровцы по-прежнему совершали теракты, жестоко расправлялись с просоветски настроенными жителями Западной Украины. Они замучили дядю Нины Петровны Хрущевой и их дочь, а в мае 1945 года даже совершили покушение на Хрущева, которое, правда, не было для них удачным.
Вскоре возникли проблемы, затронувшие всю Украину. Летом 1946 года Украину, а также значительную часть других регионов СССР поразила жестокая засуха. Хрущев вспоминал: "Я уже видел, что государственный план по хлебу не будет выполнен. Посадил я группу агрономов и экономистов за расчеты… Я думал, если откровенно доложить обо всем Сталину и доказать верность моих соображений цифрами, то он поверит мне… Сейчас не помню, какое количество хлеба я считал тогда возможным заготовить. Кажется, в записке, которую мы представили в Центр, мы писали о 180 или 200 миллионов пудов с лишним. Это, конечно, очень мало, потому что перед войной Украина вышла на ежегодный уровень 500 миллионов пудов. Каждому было ясно, что страна крайне нуждается в продуктах… А пока что назревал голод. Я поручил подготовить в Совмин СССР с показом наших нужд. Мы хотели, чтобы нам дали карточки с централизованным обеспечением не только городского, а и сельского населения каким-то количеством продуктов и кое-где просто организовали бы питание голодающих… Я долго колебался, но в конце концов подписал документ".
Колебания Хрущева были вызваны тем, что он прекрасно понимал, что его просьба о продовольственной помощи Украине может быть использована для дискредитации его как руководителя республики. Так и произошло. И в этом он винил своих старых друзей Маленкова и Берию. С марта 1946 года и тот, и другой стали полноправными членами Политбюро и заместителями председателя Совета министров СССР. Не исключено, что теперь они старались укрепить свое положение, ослабляя позиции своих коллег по Политбюро, даже если те были когда-то их друзьями. По словам Хрущева, "Маленков и Берия… вместо того, чтобы решить вопрос (а они могли тогда решить вопрос от имени Сталина: многие документы, которых он и в глаза не видел, выходили в свет за его подписью), они послали наш документ к Сталину в Сочи. Сталин прислал мне грубейшую, оскорбительную телеграмму, где говорилось, что я сомнительный человек: пишу записки, в которых доказываю, что Украина не может выполнить госзаготовок, и прошу огромное количество карточек ля прокормления людей".
Вскоре Хрущев был вызван в Москву к Сталину и, по словам Хрущева, "получил разнос, какой только был возможен". Хрущев утверждал, что Украина никакой помощи не получила, но это было не так. Продовольственная помощь из центра ослабила продовольственный кризис в республике. О том, что Сталин понял объективные трудности, с которыми столкнулось руководство Украины, свидетельствует и его решение поручить Хрущеву сделать главный доклад на готовившемся пленуме ЦК ВКП(б), посвященному развитию сельского хозяйства СССР. Однако Хрущев отказался от такого поручения. По его словам, он говорил тогда
Сталину: "Я мог бы сделать доклад об Украине, которую я знаю. Но я же не знаю Российской Федерации. О Сибири вообще понятия не имею, никогда там не был и не занимался этим делом. Собственно говоря, до Украины я вообще никогда не занимался сельским хозяйством, я сам ведь был промышленник, занимался много промышленностью, а также коммунальным хозяйством Москвы. А Средняя Азия? Да я никогда не видел, как хлопок растет". Сталин настаивал: "Нет, Вы сделаете доклад". "Нет, товарищ Сталин, очень прошу Вас, освободите меня. Я не хочу ни подводить ЦК, ни ставить себя в глупое положение, взявшись сделать доклад на тему, которой я, собственно, не знаю. Доложить Пленуму я не смогу". Тогда Сталин решил поручить сделать доклад члену Политбюро А.А.Андрееву.