Ко всему прочему освобождение Украины не принесло мира в ее западных областях. Там развернулось повстанческое движение, получившее поддержку тех, кто не желал восстановления Советской власти. Рассказывая о своей поездке в начале 1944 года в недавно освобожденный город Ровно, Хрущев вспоминал, как по пути он остановился на тыловой базе снабжения. Там он заметил "большое число людей, которые слонялись возле базы. Я подумал, что многие из них могут быть переодетыми бандеровцами, которые грелись у наших костров, питались нашей едой и шпионя за нами. Меня предупредили, что местность кишмя кишит бандеровцами. Вместо того, чтобы провести ночь на этой базе, я поехал в небольшую деревню на бывшей польской границе и остановился там". Эти опасения Хрущева не были беспочвенными. Через несколько недель машина, в которой ехал командующий 1-м Украинским фронтом Н.Ф.Ватутин, попала в засаду и генерал армии был тяжело ранен. Позже Ватутин скончался от полученных ран.
К началу 1944 года власти Украины вернулись в Киев. 6 февраля 1944 года указом Президиума Верховного Совета УССР Хрущев был назначен председателем Совета народных комиссаров Украины. При этом он остался первым секретарем ЦК КП(б)У. В марте 1944 года состоялась VI сессия Верховного Совета УССР. В своем выступлении на сессии Хрущев изложил программу первоочередных задач по восстановлению народного хозяйства республики.
Хрущев стал руководителем Совнаркома УССР в период, когда Советский Союз добивался вступления СССР во вновь создававшуюся Организацию Объединенных наций всеми 16 республиками. При этом ссылались на то, что Британская империя будет представлена там не только Великобританией, но также британскими доминьонами и даже Индией, еще остававшейся колонией. Хотя предложение Советского Союза было отклонено, учитывая вклад Украины и Белоруссии в дело разгрома гитлеровской Германии, эти две республики получили самостоятельные представительства в ООН, а также в ее специализированных организациях. Таким образом, международный статус украинского правительства становился равным любому другому независимому государству, входившему в ООН.
В это же время обсуждался вопрос о западной границе Украины. Западные союзники упорно не желали признавать присоединения Западной Украины к УССР. Под давлением польской эмиграции Великобритания и США настаивали хотя бы на возвращении Львова и прилегавшей к нему местности к Польше. Хрущев же не только выступал против каких-либо территориальных уступок, но и требовал включения в состав Украины ряда районов, населенных украинцами, в районе города Хелм. Не исключено, что эта позиция объяснялась тем обстоятельством, что супруга Хрущева была родом из этих мест. Однако это предложение Хрущева не было принято. Более того, Советское правительство согласилось возвратить в состав Польши Перемышль и ряд прилегавших к нему территорий, которые с сентября 1939 года считались частью Советской Украины.
В это же время встал вопрос и о статусе Крыма. В мае 1944 года крымские татары, огульно обвиненные в сотрудничестве с немецкими оккупантами, были выселены из Крыма, а Крымская автономная республика была ликвидирована. Как утверждает Таубмэн, в это время Хрущев поставил вопрос о необходимости передачи Крыма в состав УССР. Возможно, что Хрущев руководствовался желанием укрепить свою популярность на Украине. Однако Крым стал одной из областей Российской Федерации.
Тем временем войска 1-го Украинского фронта перешли государственную границу СССР. В своих воспоминаниях Хрущев выражал сожаление, что он не смог "увидеть как наши войска гнали немцев по Восточной Европе", так как "у него было дел по горло в Киеве, следя за восстановлением Украины и реогранизацией партии".
Война еще продолжалась, а на Украине уже начались восстановительные работы. Особое значение придавалось восстановлению угольной промышленности Донбасса. В мемуарах Хрущева сказано: "Угольной промышленностью занимался у нас Егор Трофимович Абакумов, специально откомандированный к нам как хороший знаток Донбасса. Тогда был взят правильный курс на строительство мелких шахт, на разработку верхних пластов, или, как их называют шахтеры, хвостов, то есть таких пластов, которые почти выходят на поверхность. Неглубокие шахты в старое время называли мышеловками. Было намечено побыстрее пройти несколько сотен таких шахт и за счет мелкой механизации, неглубоких разработок и наклонных стволов срочно получить нужное количество угля. И этот уголь был получен!"
В условиях, когда продолжалась война, на шахтах трудились люди вне зависимости от пола и возраста. Работавший в это время на Донбассе В.Е.Семичастный вспоминал: "Были объявлены так называемые дни повышенной добычи – ДПД. В шахты-мышеловки спускался стар и млад… Поскольку молодых ребят не хватало, был брошен клич: "Девушки – в забой!"… В течение двух лет в условиях войны были восстановлены 60 основных и 350 мелких шахт!"