Фюзеляж с несущей обшивкой толщиной 0,53 мм. В передней части фюзеляж имел круглое сечение, переходящее в овал. Основными несущими деталями фюзеляжа были девятнадцать шпангоутов, к которым заклепками крепились лонжероны. Расстояние между первым и последним шпангоутом составляло 6383,5 мм.
Шпангоут № 1 одновременно представлял собой противопожарную переборку. К нему в четырех точках крепилась кольцевидная моторама. Моторама была сварена из стальных трубок. Спереди рамы имелось кольцо, к которому тринадцатью болтами крепился двигатель. Это кольцо соединялось с четырьмя парами трубок, расположенных в форме буквы «V».
Шпангоут № 19 одновремен но играл роль заднего лонжерона киля. К нему также крепились петли руля направления. Между шпангоутами № 3 и № 6 находилась кабина пилота. В районе шпангоута № 9 проходила линия технологического членения самолета. Обе части соединялись болтами. Задняя часть фюзеляжа представляла собой единое целое с хвостовым оперением. Обшивка фюзеляжа крепилась к шпангоутам и лонжеронам.
Крыло имело трапециевидную форму с закругленными концами. Угол передней кромки крыла составлял 0°43′, а угол задней кромки 12 гр 30'. Подъем крыльев равнялся бгр. Профиль крыла у основания NACA 3315, у конца NACA 3309. Поверхность крыла 21,64 м² (Ки-43-I) или 21,4 м² (Ки-43-II/III), включая поверхность фюзеляжа между крыльями. Крылья жестко фиксировались к фюзеляжу под вертикальным углом 2 гр.
Крыло имело легкую конструкцию, состоявшую из трех лонжеронов и 21 алюминиевой нервюры. В передней части крыло дополнительно усиливали вставочные полунервюры. Конец крыла крепился к нервюре № 3.
Элероны типа Фризе цельнометаллической конструкции имели размах 2408 мм и общую поверхность 2,44 м². Рабочая поверхность элеронов составляла 1,62 м². Элероны располагались между нервюрами № 2 и № 11. Они могли отклоняться на 25(вверх и 20(вниз. Петли элеронов крепились к нервюрам № 3, № 7 и № 11. Конструкция элерона опиралась на 15 металлических нервюр, соединенных одним лонжероном. Вдоль передней кромки элерона обшивка была усилена металлической накладкой. В остальном элерон был обтянут тканью. Элероны оснащались триммерами общей площадью 0,01 м².
Обшивка крыла была цельнометаллической. Обшивка крепилась к лонжеронам и нервюрам заклепками с потайной головкой. У основания крыла располагались уникальные закрылки Фаулера, в то время применявшиеся только на самолетах фирмы Накадзима. Они выдвигались за край крыла с помощью системы тяг. Их можно было выпускать как при взлете-посадке, так и в бою. Они значительно улучшали маневренность самолета (ценой скорости). Закрылки имели цельнометаллическую конструкцию. Их общая поверхность составляла 1,18 м².
Каркас киля состоял из четырех лонжеронов и четырех нервюр. Три передние лонжерона крепились к шпангоутам №№ 16, 17 и 18, а последний лонжерон составлял единое целое с последним шпангоутом фюзеляжа (№ 19). К этому лонжерону крепились петли руля направления. Обшивка киля была из металлического листа. Киль располагался симметрично вдоль продольной оси фюзеляжа. Общая поверхность киля составляла 0,645 м².
Руль направления имел металлическую конструкцию. Каркас руля состоял из восьми нервюр и заднего вспомогательного лонжерона. Роль переднего лонжерона исполняла металлическая накладка на передней кромке. Снаружи руль был обтянут тканью. Его поверхность составляла 0,80 м², а поверхность триммера 0,005 м². Руль мог отклоняться на 30 градусов влево и вправо.
Стабилизатор высоты имел симметричный профиль. Каркас стабилизатора состоял из трех лонжеронов и девяти нервюр. Стабилизатор был жестко закреплен под углом 0 градусов к горизонту. Лонжероны стабилизатора крепились к шпангоутам №№ 16, 17 и 18. К заднему лонжерону подвешивались рули высоты. Концы стабилизатора и его носовая часть представляли собой отдельную деталь, крепившуюся болтами. Обшивка стабилизатора металлическая, крепилась к каркасу заклепками с потайной головкой. В носовой части стабилизатора устанавливались дополнительные полунервюры. Общая поверхность стабилизатора 2,46 м² (считая площадь фюзеляжа между левым и правым стабилизатором).
Руль высоты общей площадью 1,23 м² (в том числе 0,07 м² площадь триммера и 0,06 м² площадь балансира) имел металлическую конструкцию и был обтянут тканью. Он состоял из девяти нервюр, соединенных в передней и задней части усиливающими накладками. На задней кромке руля находился триммер цельнометаллической конструкции с металлической обшивкой. Руль мог отклоняться на 32 гр вверх и 18 гр вниз.
Элероны приводились в движение системой рычагов и тяг. Рули высоты и направления перемещались системой сдвоенных тяг. Закрылки выпускались механически с помощью тяг, оснащенных гидравлическим усилителем. Переключатель положения закрылков находился на штурвале самолета чуть ниже рукоятки.