Тому першим завданням нового президента стало ознайомлення із загальною ситуацією і розв’язання всіх існуючих суперечок серед академіків. Відразу після призначення К. Розумовський почав вимагати у Сената надати йому всі папери щодо конфліктів між академіками і наказав кожному із їх учасників подати особистий звіт по конкретній справі. Але отримавши все необхідне, Кирило Григорович усвідомив всю складність подібного задуму. У численних взаємних обвинуваченнях, скаргах та доносах годі було розібратися. Як наслідок, реальна перемога залишилася за опонентом М. Ломоносова, головою академічної канцелярії та одним із засновників Академії І. Шумахером. Будучи хитрим та підступним, він здружився із Г. Тепловим (який з огляду на молодість і недосвідченість новопризначеного президента фактично керував установою, офіційно займаючи лише посаду ад’юнкта при академічній канцелярії) і негласно (зважаючи на підтримку М. Ломоносова К. Розумовським) очолив роботу Академії. Так, зі слів її рядового співробітника – реєстратора Іванова: «По академии чинятся великие непорядки, когда е. с. Кирилла Григорьевич Разумовский в академию приедет, то облокотясь на стол, все лежит и никакого рассуждения не имеет и что положат, то крепит без спору, а более в той академии имеет власть асессор Григорий Теплов и что он е. с. скажет, то по его словам так и делается…» Зважаючи на досить велику зайнятість гетьмана різноманітними справами, подібні оцінки мають підстави.
Але, незважаючи на це, новопризначений президент Академії не залишив М. Ломоносова без своєї особистої підтримки. Ще у 1748 р. Кирило Григорович подарував імператриці Єлизаветі Петрівні оду, присвячену її сходженню на престол, автором якої був саме Михайло Васильович і, ймовірно, домігся виділення останньому нагороди розміром 2 000 крб. Далі юний президент «для поощрения Ломоносова велел привести академическую лабораторию в такое состояние, чтобы Ломоносов мог там удобно и с пользою проводить свои опыты, какие только случатся в химии». І саме завдяки турботам Кирила Григоровича талановитий вчений отримав казенну квартиру і був представлений на звання колежського радника. Відповіддю на прихильне ставлення президента Академії К. Розумовського до вченого стало створення Михайлом Васильовичем ідилії «Полідор», присвяченої обранню Кирила Григоровича гетьманом Лівобережної України. Її головний герой – пастух Полідор (К. Розумовський), який підвищується над іншими учасниками дійства.
Цілком очевидно, що Кирило Григорович хотів поліпшити становище Академії, але світські розваги, справи царського двору та молодість не давали йому змоги зосередити всі сили на науковому фронті. Хоча відразу після свого призначення він відправив своєму вчителю – німецькому математику Леонарду Ейлеру запрошення повернутися до Росії і зайняти відповідне місце в Академії, та Л. Ейлер був «совершенно доволен своею судьбою» і відхилив цю пропозицію. Таке ж запрошення було надіслано ще кільком відомим європейським вченим, але відгукнувся лише правознавець Фрідріх Штрубе де Пірмон, який уклав із Імператорською Академією наук і мистецтв відповідний контракт, став її професором і певний час навіть займав посаду секретаря Академії. Але запрошуючи вчених до Росії, Кирило Григорович у той же час невідомо чому намагався відмовити від поїздки до Петербурга видатного французького просвітителя Вольтера.
Після не досить вдалої спроби залучити до роботи в Академії відомих іноземних вчених К. Розумовський починає працювати над створенням її нового регламенту (статуту), який було завершено у 1747 р. Це власне був перший статут Академії.
Відомо також, що за ініціативи К. Розумовського була розгорнута робота по реформуванню університету та гімназії при Академії, в яких на той час практично ніхто не навчався. І, незважаючи на невдоволення духівництва, ці заклади були наповнені кращими вихованцями Невської, Московської та Новгородської семінарій.
Перші лекції у відновлених установах проводилися на низькому рівні, а випускних екзаменів взагалі не було. Але поступово справи налагоджувалися, і вже через декілька років університет та гімназія стали тими навчальними закладами, що забезпечували підготовку майбутніх видатних вчених.