Перед першим від’їздом до України К. Розумовський звернувся до імператриці Єлизавети Петрівни із зверненням, у якому, з огляду на складність управління Академією з України, просив призначити іншу людину на посаду президента. Коли цариця не дала згоди звільнити його, гетьман відразу запропонував вихід – створити посаду віце-президента. Зарплатня цій посадовій особі мала виплачуватися із зарплати президента Академії. За словами Кирила Григоровича, він, зважаючи на свої прибутки, міг би виконувати обов’язки очільника Академії і безкоштовно. Повноваження віце-президента мали дорівнювати президентським – у випадку відсутності гетьмана. Однак відповідь імператриці була негативною і неофіційно обов’язки президента Академії у період першого перебування К. Розумовського в Україні виконував І. Шумахер, і тоді життя Академії знову поринуло у звичну бездіяльність та конфлікти.
Взаємини між президентом К. Розумовським та академіком М. Ломоносовим були також далеко не безхмарними. 1755 р. у М. Ломоносова виникає новий конфлікт з І. Шумахером (якого підтримував сам Г. Теплов). Михайло Васильович висунув пропозицію перегляду академічного статуту. Натомість І. Шумахер звинуватив його у намаганні відібрати повноваження у президента. У відповідь М. Ломоносов сказав, що прагне лише зняти з президента той багаж, який не під силу одній людині. Справа завершилася доганою, яку оголосив К. Розумовський російському вченому, і забороною йому з’являтися на академічних засіданнях. «Я осужден, – писав М. Ломоносов фавориту Єлизавети Петрівни І. Шувалову, – Теплов цел и торжествует… Президентским орденам готов повиноваться, но не Теплову». Але М. Ломоносову на цей раз поквапився допомогти і замирити його з президентом ще один єлизаветинський фаворит І. Шувалов, і Михайлу Васильовичу знову було дозволено відвідувати академічні конференції. Важко було К. Розумовському розплутати цей вузол конфліктів. Всі академіки були «на ножах» між собою, гостро вони конфліктували і з графським фаворитом Г. Тепловим. Так, гнів радника гетьмана викликав і історик Герхард Міллер. До того ж на нього скаржився і М. Ломоносов, який був незгодний з історичними поглядами німця. В результаті Г. Міллеру від імені К. Розумовського (насправді це було рішення Григорія Теплова) заборонили складати родоводи і позбавили посади ректора університету при Академії.
У 1757 р. перед від’їздом К. Розумовського з Петербурга до України суперечності між М. Ломоносовим та І. Шумахером стосовно управління Академією були певною мірою вирішені. Вирушаючи в Україну, гетьман, посилаючись на старість та немічність І. Шумахера, надав рівні з ним повноваження М. Ломоносову та академіку І. Тауберту. Таке рішення було викликане і тим, що у той час по Петербургу ходили плітки, що «гетьман має більше дітей, ніж читав книг, і краще знає різних петербурзьких красунь, ніж дійсних членів академії».
Новий етап у реформуванні Імператорської Академії наук та мистецтв припадає на 1759 р., коли гетьман знову повертається з України. Він влаштовує урочисте засідання її членів, наділяє М. Ломоносова повноваженнями проводити професорські збори, керувати університетом і гімназією, проводить реформу управління департаментами Академії: керівництво географічним департаментом доручає тому ж М. Ломоносову; художній департамент залишається у підпорядкуванні Я. Штелліна; І. Тауберту дісталися типографія, книжковий магазин та майстерня. За дорученням президента М. Ломоносов також склав новий регламент роботи університету та гімназії, і, незважаючи на протидію деяких академіків, його було затверджено.
Ініціював К. Розумовський і складання великого атласу Російської імперії (це він доручив М. Ломоносову), а також збільшення втричі кількості учнів гімназії, котрі навчалися за державний рахунок. Потурбувався гетьман і про самостійний розвиток Санкт-Петербурзького університету (нині – Санкт-Петербурзький державний університет), який з моменту заснування Імператорської Академії наук і мистецтв входив до загального складу Академії. Кирило Григорович розпорядився, щоб Академією для нього було куплено окремий будинок – Строгановський дім.
У наступні роки – у період правління імператора Петра ІІІ та у перші роки царювання Катерини ІІ – академічним справам приділяти належної уваги К. Розумовський не міг. Його постійне перебування при імператорській особі, проведення ним реформ в Україні-Гетьманщині та участь у перевороті 1762 р. зовсім не полишали вільного часу. Тим більше, що академічне життя знову і знову поринало у міжособистісні конфлікти, ініціатором яких неодноразово виступав його протеже Михайло Ломоносов. Маючи на меті подальше удосконалення системи управління Академією, К. Розумовський у 1764 р. ініціює складання нового розпису штату Академії. Але смерть М. Ломоносова та від’їзд самого К. Розумовського за кордон поклали край цим намірам.