Несмотря на то что многие города Южной Сун пострадали в ходе завоевания, они быстро восстановились, и Марко Поло был восхищен их многолюдностью и благоустроенностью. На Севере воображение путешественников поражала своим великолепием новая столица — Ханбалык (Пекин). Туда было свезено множество ремесленников, столь ценимых монголами. В покоренных странах квалифицированным мастерам сохранялась жизнь, они распределялись в качестве ценной добычи между казной и знатью. Велись тщательные реестры ремесленников. Так, реестр 1279 г. содержал имена свыше 400 тыс. мастеров. В казенных мастерских приписанные ремесленники получали сырье и необходимые для жизни припасы, сдавая всю продукцию. В частном городском ремесле, особенно распространенном на Юге, сохранялась традиционная для китайского города организация по
Новая династия продолжила политику империи Южная Сун в отношении торговли. За казной осталась монополия на торговлю солью, чаем, вином, уксусом, благородными металлами, хотя их реализация чаще всего отдавалась на откуп. На продажу прочих товаров был введен налог, равный тридцатой части стоимости. Действовала эффективная система таможен и торговых инспекторов. Император стремился установить порядок на всех торговых путях, возлагая на местные власти и население ответственность за безопасность проезжих купцов, в особенности — иноземных. Морскую торговлю власти стремились строго контролировать: с 1284 г. торговать разрешалось лишь императорским кораблям. Однако повторяющиеся морские запреты привели к тому, что резко выросла контрабанда, и государство потеряло доходы от экспортных пошлин. В результате в 1316 г. эти запреты были отменены.
При Хубилае и его преемниках на китайском населении лежали тяжелые обязанности: помимо арендной платы крестьянина землевладельцу (частично отбираемой у последнего в пользу казны), подворных и подушных налогов зерном, шелком и деньгами, податным необходимо было выполнять трудовые повинности, из которых особенно изнурительной была ямская служба. Число тех, кто уклонялся от уплаты налогов, росло, но тем сильнее был налоговый гнет для тех, кто продолжал платить. Кочевое и полукочевое население (тибетцы, тюрки, кидани, чжурчжени) платило налоги скотом. К доходам императора следует добавить богатую военную добычу, дань и контрибуции, получаемые в ходе военных походов.
Увеличивающиеся расходы казны значительно обгоняли рост доходной части бюджета. Это было вызвано огромными затратами на военные экспедиции, масштабными работами по благоустройству и снабжению новых столиц — Шанду и Ханбалыка («летней» и «зимней»), строительством новых транспортных каналов и дамб, щедрыми дарами послам из дальних стран, регулярно приезжавшим для выражения ритуальной покорности императору. Как Великий хан, Хубилай должен был проявлять великодушие и не скупиться на одаривание монгольской знати, покупать лояльность союзников в постоянных войнах, ведущихся в Великой Степи между наследниками Чингис-хана.
Практика передачи налогов на откуп мусульманским купцам — выходцам из Средней Азии и Ирана, распространенная при монгольских предшественниках Хубилая, им осуждалась и по возможности ограничивалась. Но когда регулярная фискальная система давала сбои, что бывало довольно часто, вновь приходилось обращаться к откупщикам, и эта тенденция усиливалась в последние годы правления Хубилая и особенно при его преемниках.
Рост налогов дополнялся увеличением выпуска бумажных денег, которые стали важным платежным средством еще со времен Угэдея. Поначалу ассигнации обеспечивались драгоценными металлами, но со временем их печаталось все больше и больше: слишком велик был соблазн быстрого пополнения доходов. С 1270-х гг. правительство осуществляло все выплаты в ассигнациях и строго наказывало тех, кто отказывался принимать их как средство платежа. У приезжих купцов власти предписывали отбирать все драгоценные металлы на границе и выдавать им взамен бумажные деньги с обещанием вернуть неизрасходованный остаток средств в звонкой монете при выезде из страны. Специальные чиновники стремились ограничить оборот металлических монет на городских рынках. Но неумеренный выпуск ассигнаций вел к их обесцениванию. Так, к 1286 г. ежегодно выпускалось в 25 раз больше бумажных денег, чем в первые годы правления Хубилая, в то время как контролируемая его правительством территория увеличилась от силы в 2–3 раза.