В конце XIII–XIV в. юаньский Китай постепенно вступал в период политического и экономического кризиса. Преемники Хубилая, несмотря на отчаянные усилия конфуцианских ученых представить их в качестве совершенных «правителей Поднебесной», оставались в первую очередь монгольскими ханами. Их жены играли в политике роль, несовместимую с китайскими семейными и политическими обычаями. Каждый из императоров именовался «сыном Неба», но на деле оставался одним из Чингизидов и избирался на Курултае, что диктовало необходимость постоянной активной политики в Степи и подкупа сторонников. Даже отказавшись от экспансионистской политики Хубилая, его внук и преемник Тэмур (1294–1307) вынужден был вести войны с Чагатайским улусом, а последующие императоры, восходя на престол, в первую очередь стремились отблагодарить своих сторонников из числа монгольской знати, не считаясь с расходами. Племянник Тэмура император Хайсан (1307–1311) при вступлении на престол раздал знатным семьям сумму, равную трем четвертям годового дохода казны, продолжая и далее одаривать монастыри и знать. Войн он не вел, прославившись как щедрый покровитель буддистов и конфуцианцев, однако к концу его недолгого правления расходы в семь раз превышали доходы, бумажные деньги, которыми правительство восполняло дефицит, полностью обесценились. Император Аюрбарибада (1312–1320) поначалу пытался действовать в традициях «образцовых» китайских императоров. При нем было начато составление земельного кадастра, у владельцев уделов отняли право самостоятельного сбора налогов — их стали собирать государственные чиновники. Но реформы вызвали недовольство и монгольской знати, и южных крупных землевладельцев. Последним удалось поднять как своих, так и соседних крестьян на вооруженные выступления против обмера земель. В итоге реформы были отложены. В те же годы наконец была восстановлена китайская система экзаменов для отбора претендентов на чиновничьи должности, однако монголы экзаменовались по более легкой программе, чем китайцы.
В донесениях с мест все чаще сообщалось о росте напряженности на Юге: богатые дома присваивали себе государственные наделы, собирая под своим покровительством тысячи крестьян. Сбор налогов падал, богатство крупных землевладельцев росло, численность малоземельных и безземельных крестьян достигла опасной черты. Арендная плата возросла настолько, что крестьянам порой приходилось продавать своих детей в рабство, чтобы получить право обрабатывать землю. Множилось число бродяг и разбойников.
На Китай надвигался голод. Он был вызван аграрным перенаселением самых плодородных районов. Кроме того, во второй четверти XIV в. на страну обрушились бедствия: эпидемии (та самая чума, которая дошла до Европы, получив название Черной смерти), нашествия саранчи и ливневые дожди, несущие наводнения. В этом видят признаки изменения климата, проявившиеся к этому времени и в Западной Европе. В то же время известно, что наводнения заливают каналы тогда, когда те не чистятся, прорывают плотины и дамбы тогда, когда те не чинятся, а все это происходит оттого, что власти теряют возможность регулярно собирать податных для выполнения трудовых повинностей. В результате гибнет урожай, запасы продовольствия пополняются плохо, «амбары выравнивания цен» не справляются со своей задачей и зерно не доставляется в голодающие провинции. В 1344 г. река Хуанхэ разрушила давно не ремонтировавшиеся дамбы и изменила русло, затопив Шаньдунский полуостров и разрушив Великий канал — главную артерию снабжения столицы и северных районов. В глазах населения эта катастрофа была знаком утраты династией мандата Неба. Вспыхнули мятежи, активизировались тайные общества, и китайцы все чаще вспоминали древнее изречение: «У варваров не бывает удачи, которая длилась бы сто лет».
Последний император династии Юань Тогон-Тэмур (1333–1370) правил так же же долго, как и Хубилай, но совсем не принимал участия в государственных делах. Большую часть времени он посвящал гарему, охоте и другим развлечением, увлекаясь конструированием механических устройств в дворцовом саду.
Как это уже случалось в империях, основанных «варварами» (например, в тобгачской Северной Вэй и чжурчженьской Цзинь), в условиях кризиса часть придворных склонялась к «традиционалистской реакции», призывая вернуться к монгольским обычаям.