Хубилай-хан, как и некоторые прославленные императоры прежних династий, начал свое правление с земельной реформы, объявленной уже в 1261 г. Он учредил также ведомство развития сельского хозяйства, поставив во главе своего советника Яо Шу, о котором говорилось выше как о составителе законов в духе империи Тан. В штат этого ведомства вошли опытные агрономы, призванные помогать крестьянам практическими советами. Прежде всего, надо было возродить хозяйство Северного Китая, разоренное длительными войнами, в ходе которых сопротивлявшиеся жители уничтожались почти поголовно. Для этих областей были предусмотрены налоговые льготы. В городах строились новые зернохранилища, призванные на случай неурожая обеспечить не только горожан, но и крестьян. Император запретил монголам прогонять через возделанные поля скот и, что самое важное, запретил превращать их в пастбища.
В целом в период Юань соотношение казенных и частновладельческих земель изменилось в пользу последних. На Севере Китая большинство казенных земель и земли бежавших на юг или убитых китайских землевладельцев передавались во владение монгольской знати, чиновникам и монастырям, находившимся под императорским покровительством. На Юге еще в период Южной Сун росло число частных земель (
Однако южнокитайские землевладельцы, действуя привычными для них способами (подкупом чиновников, подлогом документов, сокрытием крестьян от контроля фиска), пытались занизить как число арендаторов, так и размер арендной платы. Лишь после смерти Хубилая монгольские власти начали проводить ревизии земельного фона для выявления скрытых от казны хозяйств, находящихся «под покровительством». Но проверки довести до конца не удавалось, так как для этого нужен был более надежный штат чиновников. Несмотря на видимую военную мощь, бюрократический аппарат империи Юань был неэффективен. При Хубилай-хане со всего Китая в виде прямых налогов поступало в 4 раза меньше зерна, чем в империи Цзинь, хотя последняя как минимум в два раза уступала Юань по территории.
В Северном Китае в хозяйствах знати, военачальников и чиновников применялся подневольный труд
Широкое распространение в империи Юань получило храмовое землевладение, освобожденное от налогов. Буддийские и даосские монастыри получали земли в дар. Кроме того, подобно частным землевладельцам, они скупали и захватывали соседские поля. Их обширные угодья считались вечным владением и обрабатывались не только монахами, но и арендаторами, приписанными к монастырям или же перешедшими под их покровительство.
В целом же первые десятилетия правления династии Юань были благоприятны для земледелия. После монгольского завоевания, опустошившего ряд провинций, численность населения в Китае резко сократилась, и количество земли в расчете на единицу крестьянского хозяйства было относительно большим. Постепенно численность населения росла, и средний земельный надел в расчете на одну семью становился все меньше и меньше.
В появившемся в начале XIV в. агрономическом трактате говорилось о возникшем на Юге новом способе орошения полей: с помощью бамбуковых водопроводов и водяного колеса с ведрами-черпаками. Южане освоили и новую для них культуру — гаолян (разновидность сорго), прежде распространенную лишь в Сычуани и засушливых областях Великой китайской равнины.