5 апреля 518 г. умирает Константинопольский патриарх-монофизит Тимофей, а его сменяет «центрист» Иоанн Каппадокийский. 9 июля в мир иной отходит и император Анастасий. Его место занимает немонофизитски настроенный Юстин, в результате чего политическая диспозиция складывалась не в пользу монофизитской партии. Севиру приходится бежать, и в сентябре 518 г. он отплыл из Селевкии в Александрию, т. е. в Египет, который после восшествия на престол Юстина, положившего своей задачей идеологическое единство империи под знаменем халкидонской веры, стал прибежищем высылаемых епископов-монофизитов и оплотом антихалкидонизма.
Следующие почти двадцать лет Севир никогда не имел постоянного места обитания, скитаясь по обителям Египта. Известно, что он не оставил дел антиохийского патриархата, управляя им через доверенных лиц, и заботился о сирийских монахах-монофизитах, спасавшихся в Египте от гонений.
В 527 Г. императором становится Юстиниан Великий, который имел целью воссоединение православных и монофизитов и понимал, что эту задачу тяжело осуществить без поддержки монофизитских лидеров, и прежде всего Севира (Филоксен Маббугский умер в 523 г.). К тому же прямо сочувствовала монофизитам жена Юстиниана, Феодора. В 532 г. Юстиниан объявил амнистию шести монофизитским епископам, скрывающимся в египетской пустыне, и вызвал их в Константинополь для проведения переговоров об унии; среди них был и Севир, который сперва отказался, сославшись на свой преклонный возраст, но зимой 534/35 г., когда Юстиниан повторил свою просьбу, он все-таки поехал в Константинополь, в сопровождении большой группы нехалкидонитского духовенства, и по приезде занял один из императорских дворцов. Севир, несомненно, имел влияние на Феодору. Вероятно, с его подачи патриархом Александрийским стал севирианин Феодосий, а Константинопольский патриарх Анфимий, хотя и был халкидонитом, вступил в общение с монофизитской партией.
Ситуация резко изменилась весной-летом 536 г., когда умер Феодосий и был смещен Анфимий. Юстиниан, стремившийся к союзу с Римским папой Агапитом, в мае – июне созвал собор в Константинополе, на котором были осуждены Севир и Анфимий, а в августе выпустил специальный указ, которым отправил в ссылку всех последователей Севира и Анфимия. С помощью Феодоры Севир снова бежал в Египет, где жил попеременно в нескольких обителях под Александрией. Последним его местом пребывания стал город Ксоида, где он скончался 8 февраля 538 г.
Остановимся теперь на сочинениях и взглядах Севира.
В целом, опираясь на монофизитскую доктрину и доказывая в противовес халкидонитам (учившим о двух природах во Христе), что Христос обладает единой природой, Севир исходил из представления о единственности энергии (деятельности) Христа. По мнению Севира, папа Лев, говоря о двух действиях во Христе, соответствующих природам, вводит во Христа два субъекта. Единую природу Христа Севир понимал так, что в ней есть и человеческая составляющая, рассматривающаяся как инструмент, или «носитель» Бога-Слова. Таким образом, действие Христа Севир понимал как составное, сложное, соответствующее ипостаси (природе) Христа после Воплощения (севировская христология не подразумевала различения понятий «природа» и «ипостась»).
Упоминавшийся выше Нефалий в 508 г. последовал за Севиром в Константинополь. Пребывая там, он написал работу под названием «Апология собора в Халкидоне», в которой отстаивалась диофизитская позиция. Севир ответил на этот трактат сочинением «К Нефалию».
В это же время (между 508 и 511 г.) Севир издал трактат «Филалет» («Любитель истины»), представляющий реакцию на попавший в его руки диофизитский флорилегий конца V в. с отрывками из св. Кирилла Александрийского. «Филалет» содержит попытку монофизитской интерпретации наиболее соблазнительных с его точки зрения фрагментов сочинений Кирилла.
Ко времени патриаршества Севира относится его полемика с апол-линаристом Сергием Грамматиком, которая началась, судя по всему, в 513 г. и продолжалась вплоть до изгнания Севира в 518 г. Инициатором ее был Сергий, написавший три письма к Антиохийскому патриарху и получивший на каждое из них ответ («Три письма к Сергию Грамматику» ). Кроме того, Сергий в ответ на третье письмо Севира написал трактат под названием «Апология».