В начальный период изгнания Севиром был написан трактат «Против нечестивого Грамматика», адресованный пресвитеру Иоанну Грамматику Кесарийскому, составившему около 511 г. «Апологию собора в Халкидоне». Севир ознакомился с ней еще во время своего патриаршества, но ответить смог только в 519 г. Иоанн Грамматик был первым богословом, который попытался применить к христологии триадологическую терминологию Каппадокийских отцов. В частности, он настаивал на том, что две природы во Христе являются общими природами Божества и человечества. Севир, в свою очередь, полагал, что общее существует либо частным образом в единичности, либо как отвлеченное понятие и что, если Христос воспринял общую природу человечества, это значило бы, что Он воплотился во всех единичностях человеческого рода. А значит, Христос обладал индивидуальной, а не общей человеческой природой (в этом позиция монофизитов совпадала с позицией несториан). Это не мешало Севиру признавать, что Христос имеет ту же сущность, что и мы.
В 520 – 527 гг. Севир вел полемику с Юлианом, бывшим епископом Галикарнасским (ум. 538), с которым он был знаком еще по Константинополю, где они совместно выступали против патриарха Македония, а потом встретился в египетском монастыре Энатон в 518 г. Памятниками этой полемики стали «Три письма к Юлиану», «Против томоса Юлиана», «Против предположений Юлиана», «Против прибавлений Юлиана», «Против Апологии Юлиана», а также «Апология Филалета». Позиция Юлиана состояла в том, что во Христе после воплощения нет различия не только природ (в смысле частных природ), но также сущностей (в значении вторых сущностей Аристотеля), свойств и действований. По этой причине Юлиан, полагая (при формальном признании единосущия нам Христа по плоти), что Христос есть Бог по природе, настаивал на нетленности человечества Христа с момента рождения, тогда как Севир полагал, что тело Христа стало нетленным только после Воскресения. Предпосылка, из которой исходил Севир в споре с Юлианом, состояла в том, что тление (в общем смысле) является необходимым признаком человеческой природы. В результате споров между Севиром и Юлианом в монофизитской партии произошел раскол. Позднее каждая сторона поставила своего патриарха на Александрийскую кафедру. Со стороны севириан это был патриарх Феодосий, со стороны юлианитов – Гаиан (в результате чего египетские последователи Юлиана стали зваться гаианитами).
От Севира Антиохийского дошли корпус из 315 посланий, большое количество гомилий, а также некоторые литургические произведения, в частности гимны.
Практически все произведения Севира сохранились лишь в переводе на восточные языки, прежде всего на сирийский и, кроме того, на саид-ский диалект коптского (коптские переводы имеют важнейшее значение, поскольку дают более полную версию текста, в отличие от сирийских, которые зачастую опускают спорные и малопонятные места), а также на арабский и эфиопский. На греческом сохранились лишь небольшие фрагменты в сочинениях сторонников Халкидона.