В июле 1944 г., когда началось успешное советское наступление, и линия фронта стремительно приблизилась к Ковно, немцы приступили к новым депортациям и ликвидации населения гетто и рабочих лагерей. Многим жителям гетто удалось укрыться в бункерах и других укрытиях, но немцы пустили в ход самые жестокие меры, чтобы обнаружить укрывшихся евреев. Несколько тысяч евреев, которым удалось спрятаться, погибли в огне в своих укрытиях. Около восьми тысяч евреев немцы депортировали в Германию. Мужчины были отправлены в концлагерь Дахау, женщины в лагерь Штутгоф, под Данцигом. До 80 процентов депортированных в Германию ковенских евреев погибло в лагерях, лишь горсточка их дождалась освобождения. Женщины были освобождены советами в январе 1945 г., мужчин в конце апреля того же года освободили американцы.
В общем итоге из 35.000 ковенских евреев, очутившихся в руках наци, уцелело всего несколько тысяч, остальные погибли смертью мучеников.
Принудительные работы. Обитатели гетто были вынуждены выполнять различные работы для немцев. Как бы тягостен ни был этот труд, люди цеплялись за него в надежде, что это отсрочит их гибель. Но каждая «акция», обрекавшая на гибель здоровых и работоспособных мужчин и женщин, наносила этим иллюзиям один удар за другим.
Гетто жило впроголодь, и евреи охотно шли на такие работы, которые давали возможность завязать сношения с христианами, чтобы купить у них кой-какие съестные припасы, которые можно бы было тайком при возвращении пронести в гетто. Во многих местах, однако, это не удавалось и после долгого, мучительного труда люди возвращались домой с пустыми руками.
На работы посылались мужчины от 14 до 60 лет и женщины от 15 до 55. Люди, обязанные выполнять трудовую повинность, составляли свыше 60% населения гетто. Самые тяжкие условия работы выпали на долю тех, кто был прикреплен к ковенскому аэродрому. Там работа шла и днем, и ночью в жуткой обстановке. Аэродром находился на расстоянии 5-6 километров от гетто, и рабочим приходилось ежедневно совершать пешком десять-двенадцать километров. Работало на аэродроме ежедневно несколько тысяч евреев. В гетто сложились народные песни, оплакивавшие тяжелую долю «аэродромщиков».
Десятки небольших еврейских рабочих бригад обслуживали немецкие военные единицы, городские фабрики и т. д. В самом гетто функционировали «Большие мастерские», где полторы тысячи мужчин и женщин выполняли заказы Вермахта и других военных единиц. Несколько сот евреев работало в «маленьких гетто-мастерских», обслуживавших нужды населения гетто.
Недельный продовольственный паек, установленный ковенским городским комиссаром на каждого жителя гетто, составлял 700 граммов хлеба, 125 гр. мяса (преимущественно конины) и 125 гр. муки. Время от времени выдавалось по несколько килю картофеля. Те, которые выполняли работу, получали небольшой дополнительный паек. Чтобы не умереть с голоду жители гетто вынуждены были прибегать к нелегальным способам добывания пищи, но это могли делать только те, кто работал в городе. Люди умудрялись, улучив минуту уйти с работы, снять с себя желтую нашивку, пробраться в ближайший христианский дом и там приобрести кой-какие продукты. Многие, однако, попадали при этом в руки литовской полиции, которая передавала их гестапо, и там их расстреливали.
Большую роль в снабжении гетто играла контрабанда, доставлявшаяся через ведущую в гетто ограду. Завелись специалисты по «торговле через ограду», у которых были связи с местными спекулянтами-христианами, поставлявшими продукты. В эти сделки были втянуты стражники, охранявшие доступ в гетто и получавшие за свое содействие хорошую плату.
Разными путями добывали себе пропитание жители гетто. Люди, работавшие в лучших рабочих бригадах, умудрялись, идя на работу, захватить с собой что-нибудь из одежды, обуви, белья или домашней утвари, чтобы продать кому-нибудь из работавших рядом с ними христианам или обменять на продукты. На обратном пути приходилось изловчиться, чтобы пронести в гетто нелегально добытую еду. В гетто появились посредники, которые снабжали людей, работающих в удобных местах, различными вещами для продажи в городе. Другие посредники перепродавали контрабанду в тайные лавочки или отдельным лицам.