Во время, свободное от трудовой повинности, еврейские ремесленники выполняли на дому частные заказы, работая на своих соседей по гетто и на продажу из гетто. Рабочие шили шапки, головные платки, передники и пр. для сбыта в деревнях; в эту индустрию были втянуты многие, преимущественно женщины. После первой волны массовых истреблений жизнь уцелевших в гетто некоторым образом стабилизировалась, и в этой своеобразной обстановке начался процесс дифференциации, — сформировались какие то социальные слои. Стали возникать конфликты. К новой «аристократии» принадлежали высшие чины гетто — администрации, руководители крупных и лучших бригад, а также те, которые занимались спекуляцией в большом масштабе и стали «богачами». Работавшие на аэродроме и в других трудных местах с завистью и ненавистью смотрели на этих «избранных».
В виду того, что немцы считали евреев ремесленников наиболее полезным элементом, сотни евреев — бывших лавочников, торговцев, людей свободных профессий — становились столярами, каменщиками, сапожниками и другими ремесленниками. Следует отметить большую заслугу школы, устроенной под руководством деятеля ОРТа, агронома Якова Олийского.
Сопротивление. В 1942 г. в среде организованной молодежи созрела мысль вырваться из гетто и примкнуть к советским партизанским отрядам в лесах, в районе Вильно. Осуществление этого плана было затруднено тем, что очаги партизанского движения находились далеко от Ковно и было крайне рискованно пускаться в столь далекий путь, где легко можно было попасть в руки литовцев, относившихся к евреям враждебно и выдававших каждого задержанного еврея в Гестапо.
Летом 1943 г. слухи о восстании в варшавском гетто и советские победы на восточном фронте дали толчок партизанскому движению в ковенском гетто. К этому времени в гетто образовался подпольный комитет для поддержки партизан, в состав которого вошли представители нелегальных общественных группировок. С осени 1943 года до весны 1944-го из гетто удалось вырваться нескольким сотням молодых людей, примкнувших к различным партизанским отрядам и геройски боровшихся с наци. В ряде мест им пришлось пережить много неприятностей от антисемитски настроенных партизан.
Руководителем партизанского движения в гетто был Хаим Елин. В апреле 1944 г. он попал в руки Гестапо и был убит. После войны советское правительство посмертно наградило орденом Отечественной войны Елина, а также двадцать погибших бойцов из подпольного комсомола в Ковно за их деятельность во время немецкой оккупации, в том числе Меера Лурье, Або Дисконта, Эли Шмуэлева и Израиля Мильштейна.
Кроме членов организации партизан, в конце 1943 г. и в начале 1944 удалось бежать из гетто отдельным евреям и небольшим группам, для которых приготовили убежище их друзья — христиане. Около ста евреев из гетто скрывались в бункере вблизи местечек Юрбурга, но немцы летом 1944 г. выследили их и почти всех расстреляли.
Однако, число евреев, которым удалось вырваться из гетто было относительно невелико; стали подумывать о том, как бы в самом гетто соорудить т. наз. «малины» (специальные укрытия, бункеры), где можно было бы укрыться в момент несчастья. Их строили большей частью под полом жилья или дома соседнего с жильем. Необходимо было заготовить там запасы воды (в больших бункерах были внутри колодцы) и съестных припасов, так как пребывание в убежище должно было быть рассчитано на длительное время. В некоторых «малинах» имелись радиоаппараты для поддержки связи с внешним миром. Наряду с частными «малинами», рассчитанными на несколько семейств, существовали также общественные «малины», сооруженные нелегальными группировками для своих членов. Многие сооружения были сделаны так искусно, что во время ликвидации гетто, гестаповцам не удалось их обнаружить даже при помощи полицейских собак. Тогда они подожгли и взорвали многие жилые дома в гетто вместе с этими «малинами».
С движением сопротивления связано и происшествие на 9-ом форту в нескольких верстах от Слободки. После немецких поражений на советском фронте они торопились замести следы своих злодеяний. Сожжение трупов на 9-ом форту было поручено бригаде, состоявшей из 60-70 человек. Кроме нескольких десятков евреев-советских военнопленных, все остальные в бригаде были жители ковенского гетто, частью задержанные на пути к партизанским отрядам. Они сжигали ежедневно около 400-500 трупов убитых; всю работу надлежало закончить к весне 1944 г. Несомненно, по выполнении этой работы Гестапо расстреляло бы всех участников бригады, чтобы не осталось в живых ни одного свидетеля нацистских злодеяний.
Инициативная группа бригады выработала после конспиративной подготовки тщательный план побега с форта, требовавшего буквально легендарного мужества. План был осуществлен в ночь с 24 на 25 декабря 1943 г. Многие из бежавших были схвачены гестаповцами, немедленно организовавшими погоню, и расстреляны. Но небольшой группе беглецов удалось прокрасться в гетто и оттуда уйти в леса в отряды партизан.