Общественные группировки, причастные к движению сопротивления, издавали нелегальные воззвания и бюллетени. Некоторые из них хранятся в настоящее время в Виленском Государственном Музее. Особое место занимает среди них древнееврейское издание «Ницоц» (Искра).
В течение трех лет нацистской оккупации Литвы гетто существовало, помимо Ковно, только в Шавлях, втором по величине городе независимой Литвы. К началу немецко-советской войны в Шавлях находилось около десяти тысяч евреев. Одной тысяче удалось бежать в Советскую Россию; многие пытавшиеся эвакуироваться в Россию, были перебиты в пути литовскими националистическими партизанами.
26-го июня 1941 г, немцы заняли Шавли. Еще до их прихода начались нападения литовцев на евреев. 28 июня были проведены массовые аресты евреев мужчин; около тысячи человек было расстреляно в Кужийском лесу, в окрестностях Шавель.
После того, как был издан ряд антиеврейских распоряжений власти опубликовали приказ о переселении в гетто, которому были отведены два района: в предместье Кавказ, то соседству с еврейским кладбищем (т. наз. Кавказское гетто) и в переулках, примыкающих к фабрике Френкеля (Тройское гетто). В этих двух гетто в неимоверной тесноте ютилось пять тысяч евреев, в том числе около трех с половиной тысяч шавельцев. Остальные 1.500 были жители соседних пунктов, бежавшие в Шавли, спасаясь от литовских погромщиков. Для заведования гетто был создан Совет Старейшин в составе пяти человек — М. Лейбович (председатель), Б. Картун (вице-председатель), Б. М. Абрамович, А. Гелер, Ф. Рубинштейн. Секретарем был А. Кац. Совет старейшин назначал районных администраторов — по три для каждого гетто.
Первоначальный план нацистских Айнзац-групп состоял в том, чтоб перебить всех шавельских евреев. Но окружной комиссар Гевеке был против этого: он опасался, что в результате истребления евреев, остановятся крупнейшие промышленные предприятия в Шавлях, так как все специалисты в них были евреями. Он вел по этому поводу переписку с высшими нацистскими инстанциями в Риге и Ковно. В письме от 10 сентября 1941 г. Генеральному Комиссару Литвы фон-Рентельну Гевеке писал:
«В шавельском окружном комиссариате проживало до нашего прихода много евреев... теперь почти весь округ — «юденфрай». Единственным исключением является город Шавли, где проживает около шести тысяч евреев. После депортаций... останется около четырех тысяч евреев (включая членов семейств) которые можно будет использовать для специальных работ. К этому я хочу добавить, что в Шавлях имеется крупная индустрия, в которой специалистами являются исключительно евреи. Без участия евреев нельзя производить здесь никаких работ, особенно в кожевенной промышленности, где все специалисты — сплошь евреи. Начальнику уезда и бургомистру уже предписано, чтобы при каждом еврее специалисте находились литовцы на фабриках, которые приобретали бы профессиональные навыки; это даст возможность со временем окончательно разрешить еврейский вопрос без ущерба для хозяйства. Я надеюсь, что на основе нашей беседы и настоящего доклада Вы убедитесь в том, что в Шавельском округе разрешение еврейского вопроса проводится с надлежащей интенсивностью и национал-социалистической твердостью».
Тем временем массовые экзекуции евреев в Шавлях продолжались. 11 сентября 1941 г. были убиты 130 человек, на следующий день — 30. 15 сентября началась выдача евреям желтых паспортов, многие старики были вывезены при: этом из гетто и убиты. После этих расправ жизнь в гетто) постепенно стабилизовалась; стали активно работать учреждения, подведомственные Совету старейшин. В конце 1941 г. в гетто была открыта больница. Помещения на еврейском кладбище, находившемся в пределах гетто, где производились омовения покойников и жили сторожа, были перестроены и превращены в больницу. В обоих гетто были! открыты амбулатории. В больнице и в амбулаториях работали почти вое находившиеся в гетто врачи.
В гетто было хорошо поставлено дело социального обеспечения; помощь оказывалась евреям, оставшимся совершенно без средств к существованию. Для детей школьного возраста была тайная школа. Опасаясь немцев, детей разделили на небольшие группы, и обучение производилось в разных помещениях.
Летом 1942 г. вошел в силу приказ, запрещавший беременность среди евреев.