Летом 1942 г. в гетто появились первые кружки подпольной группы сопротивления, носившей имя «Масада».. Целью группы было снабжение гетто оружием и установление связи с советскими партизанами. К «Масаде» принадлежала молодежь различных направлений. Совет старейшин; оказывал содействие этой организации, «Масада» поддерживала связь с сопротивлением в Ковенском гетто. Небольшому числу участников «Масады» удалось вырваться из. гетто и связаться с партизанами. В кружках «Масады» велась также культурная работа. Время от времени издавались нелегальные листовки, призывавшие к сопротивлению. Принудительные работы. Шавельские евреи работали на городском аэродроме, в немецких рабочих лагерях, на кожевенных заводах Френкеля, в предприятиях городского управления, на разных фабриках и мастерских. В течение некоторого времени еврейские женщины работали в литовских семьях в качестве домашней прислуги. В самом гетто имелись мастерские, работавшие для нужд Вермахта. В летние месяцы евреев отправляли на торфяные разработки. Небольшие группы работали в разных местах в окрестностях Шавель. До конца 1942 г. на этих принудительных работах платили по несколько марок в день. Половина заработка отчислялась в пользу Окружного Комиссариата. Спустя некоторое время плату понизили до трех марок в месяц.
По приказу шавельского Окружного Комиссара, в декабре 1942 г. все специалисты были поселены в Тройском гетто, а чернорабочие — в Кавказском районе. Осенью 1943 г. шавельское гетто было изъято из ведения Окружного Комиссара и перешло в руки эсесовцев. Оно было превращено в лагерь и формально причислено к «Концентрационному лагерю Кауэн». Тогда начали направлять большие группы евреев в новые рабочие лагеря: 500 лагерников на шавельский аэродром, 250 — на оружейные заводы в Линкаичах, 250 — на кирпичный завод в Даугель (вблизи местечка Куршан), 250 — на сахарный завод в Павенчай, такое же число на цементный завод в местечко Акмяны. В мае 1944 г. несколько сот шавельских евреев отправили в Поневеж, где начали строить аэродром. Незадолго до этого в Шавли перевели 500 человек из лагеря в Ионишках; это были уроженцы Сморгони и других пунктов виленского района. Они долго выполняли работы по т. наз. Организации Тодта.
Истребление детей и стариков. 5-го ноября 1943 г. в шавельском гетто была проведена акция истребления детей до 12-ти лет, стариков и больных. Руководил истреблением евреев эсэсовский командир Ферстер; участие в «акции» принимали наряду с немцами украинцы, сторожа лагерей. Число погибших в этот день доходило до 800; с большим риском удалось спасти двести детей. По окончании «акции» Совет Старейшин был распущен. Председатель М. Лейбович был назначен старшиной лагеря; его потом сменил Т. Паризер, немецкий еврей, очутившийся в шавельском гетто.
Ликвидация гетто и депортация. Ликвидация шавельского гетто началась в первой половине июля 1944 г. Сначала стали свозить в Шавли евреев из окрестных лагерей. В течение нескольких дней шла депортация в концентрационный лагерь Штутгоф. Стариков и больных прикончили в Штутгофе. Женщин, при которых были спасшиеся дети, отправили в Аушвиц. Мужчин и около двухсот женщин отправили в Дахау на работы. Более молодых и здоровых женщин, при которых не было детей, разослали из Штутгофа в разные лагеря Восточной Пруссии. Очень немногим шавельским евреям, попавшим в немецкие концлагеря, суждено было дожить до освобождения.
Гибель еврейских общин в Литовской провинции. По отчетам «Айнзац-групп» видно, что к концу декабря 1941 г. т. е. в первое полугодие нацистского владычества в Литве, погибло свыше 136.000 евреев, из них 30.000 в Ковно и в Шавлях и около 100 тысяч — в других городах и местечках. Самым страшным для провинциальных общин Литвы были месяцы август и сентябрь 1941 года.
О разгроме еврейского населения в литовской провинции опубликовано до сих пор мало данных. Многие еврейские общины были целиком стерты с лица земли, так что не осталось в живых ни одного свидетеля гибели мучеников в этих местах. Из имеющегося материала, однако, вытекает с ужасающей ясностью факт, что в истреблении евреев принимали активное участие литовцы, принадлежавшие к различным слоям населения. Большинство этих литовцев бежали в Германию летом 1944 г., когда немцы отступали от Литвы. В Германии они проживали в качестве ди-пи и пользовались поддержкой «Унра», «Про» и других организаций, оказывающих помощь пострадавшим от нацизма. Потом они эмигрировали в Америку и другие заокеанские страны.
На первой конференции литовских евреев-выходцев из немецких концлагерей, состоявшейся в Мюнхене в 1947 г., была принята декларация, в которой между прочим говорится следующее («Унзер Вег», Мюнхен 22 июля 1947).