После прибытия из лагерей некоторые близкие друзья Павла оказались без жилья в Москве — их семьи были выселены из столицы. Всех их Судоплатов поселил у себя в квартире на улице Горького и на служебной даче, а спустя кроткое время те активно включились в работу.
В это же время Судоплатов получил ещё одно назначение — заместителя начальника штаба НКВД по борьбе с немецкими парашютными десантами. Под его начало передали отборное подразделение десантников вместе с эскадрильей транспортных самолетов и бомбардировщиков дальнего действия.
Ситуация же на фронте после вторжения сил вермахта складывалась трагически. Мощь германской танковой армады превосходила все ранее имевшиеся данные. Крупные поражения Красной Армии в Прибалтике, Белоруссии и на Украине ошеломляли. До августа подразделения Судоплатова предприняли несколько диверсионных операций по спасению советских частей, попавших в окружение, однако они не увенчались успехом. Эти группировки оказались рассеянными и больше не могли стать базой для развертывания партизанской войны.
Октябрьским поздним вечером, слякотным и ненастным, Берия вызывал Судоплатова к себе и сообщил, что Верховный выражает недовольство зафронтовой работой НКВД.
— Мы делаем всё, что в наших силах, товарищ нарком, — не согласился старший майор.
— Мало, мало делаем! — нервно заходил тот по кабинету. — Он, — ткнул пальцем в потолок, — требует активизации действий, а именно проникновение в Абвер. Что имеете предложить? — остановился напротив.
— Я уже думал над этим вопросом, — последовал ответ. — Помните разработку «Монастырь»?
— Помню. Тогда раскрыли и пересажали антисоветскую группу молодежи, вращавшуюся вокруг известного в прошлом литератора по фамилии, кажется, Садовской.
— Именно, — кивнул Судоплатов. — А его до времени оставили под наблюдением и не ошиблись. В настоящее время он совместно с женой, в прошлом фрейлиной царского двора и бывшим князем Глебовым, строят планы установления контактов с немцами.
— Вот как? — хмыкнул нарком. — И насколько это реально?
— Без нашей помощи шансы равны нулю, но если взять их в активную разработку, то вполне.
— Конкретней, — блеснул пенсне Берия.
— Придаем этой группе видимость организации, желающей сотрудничать с немцами, внедряем туда своего агента и забрасываем за линию фронта. Организацией непременно заинтересуется Абвер, дальше дело техники.
— Гм, — сложил руки на груди нарком. — Мысль дельная, приступайте к работе.
— Уже.
— Что «уже»?
— Приступили два месяца назад.
— Удивляете вы меня своим чутьем, Павел Анатольевич, — рассмеялся Берия. — В таком случае продолжайте. О результатах докладывайте мне каждую неделю.
Так начиналась первая радиоигра с Абвером под кодовым названием «Монастырь», имевшая далеко идущие последствия.
В это же время при участии местных партийных организаций началась засылка партизанских формирований в тыл к немцам с включением в их состав опытных офицеров-разведчиков и радистов. Постепенно Судоплатовский отдел стал главным центром разведывательно-диверсионной деятельности органов госбезопасности в тылу противника. Не остался он в стороне и в дни обороны Москвы.
Когда осенью 41-го года немцы подошли к столице, отдельная бригада специального назначения получила задание во что бы то ни стало защитить центр города и Кремль. Чекисты заняли позиции в Доме Союзов и в непосредственной близости от него. В этот критический момент ОМСБОН был единственным боевым формированием, имевшим достаточное количество взрывчатки и специалистов, способных её применять.
По прямому указанию Генерального штаба и лично Жукова минировались дальние и ближние подступы к городу, а моторизованная часть бригады участвовала в ликвидации немецких мотоциклистов и бронетранспортеров, прорвавшихся к мосту через Москву-реку в районе аэропорта Шереметьево.
На тот случай, если фашистам удастся захватить Москву, бригада заминировала ряд зданий, где могли проводиться совещания высшего немецкого командования, а также все важные объекты как в столице, так и вокруг нее.
Помимо этого Берия приказал организовать разведывательную сеть в городе после захвата его немцами. Она состояла из двух независимых резидентур и автономной группы, которой предписывалось уничтожение Гитлера с ближайшим окружением в случае появления его в Москве.
Однако всем этим не пришлось воспользоваться. В декабре немцы потерпели сокрушительное поражение на подступах к столице. К весне 42-го они захватили Крым и Донбасс и начали движение на Волгу, выйдя к излучине Дона.
В августе Берия с Меркуловым поручили Судоплатову экипировать в течение суток сто пятьдесят альпинистов для ведения боевых действий в горах. Как только подразделение было готово, все трое вместе с ним вылетели несколькими транспортными самолётами на Кавказ. Перелёт был долгим. В Тбилиси летели через Среднюю Азию на самолетах «С-47», полученных из Америки по ленд-лизу.