Среди неразрешенных проблем оставалась перегруженность командира-единоначальника. Непосредственно на местах в 1926 г. так и не удалось создать необходимых условий для них; не была учтена их большая нагрузка командиров в связи с необходимостью руководства всеми видами работ. К тому же в первое время отмечалось стремление части политсостава перегрузить работой единоначальников, сводя свою роль только к выполнению заданий командира. Командование частей в свою очередь перегружало единоначальников в ротах различными заданиями помимо служебных обязанностей. В связи с этим замеченное в первое время стремление партийных командиров перейти на единоначалие стало ослабевать, а некоторые единоначальники в свою очередь стали тяготиться возложенными на них обязанностями.
По-прежнему не было ясности в разграничении функций между командирами и комиссарами при проведении неполного единоначалия. И хотя острые противоречия, которые наблюдались в 1925 г., были изжиты, все равно, с одной стороны, оставалось стремление командира полностью разграничить свою работу с работой комиссара, а с другой – приводило к вмешательству комиссара под различными предлогами в административно-хозяйственную работу. Иногда стремление строго разграничить функции командира и комиссара доходило до того, что по отношению к беспартийному составу части действовало только административное право командира, но ни в коем случае не право комиссара.
Во флоте и в национальных частях введение единоначалия, согласно указаниям партии, проводилось более медленными темпами. Это объяснялось тем, что там было слишком мало командиров, вышедших из рабочих и крестьян. Партийная прослойка среди них была незначительной, большинство командных должностей на флоте занимали военные специалисты (военспецы).
О практическом осуществлении единоначалия в Военно-морском флоте следует сказать отдельно. Партийное и военное руководство сталкивалось с «социально-партийной проблемой». Не случайно приказ № 234, оформивший переход к единоначалию, касался лишь Красной Армии, сохраняя за комиссарским составом Военно-морского флота прежние функции. Большое число выходцев из дворян и служащих, низкий процент членов и кандидатов в члены партии не позволяли перейти к широкомасштабному практическому осуществлению единоначалия, особенно на судах боевого значения.
В дальнейшем практическое осуществление единоначалия проводилось в соответствии с инструкцией, принятой в феврале 1925 г. В соответствии с ней на Балтийском флоте приказом Реввоенсовета от 31 марта 1925 г. единоначалие вводилось на 26 вспомогательных судах и в 15 береговых частях, а затем распространялось еще на 6 судов такого же типа. На Черноморском флоте аналогичные мероприятия были проведены в апреле – мае 1925 г.
Совершенно естественно, что выдвижение полных единоначальников в РККФ шло значительно медленней, чем в Красной Армии. Оно проходило путем персонального подбора партийных единоначальников большей частью из политического состава флота, нежели из командного. Несмотря на то, что на флоте, в отличие от Красной Армии, больше шансов стать командиром-единоначальником имел политсостав, многие его представители считали себя неподготовленными к такой роли.
Партийный командный состав флота, в большинстве своем приветствуя введение единоначалия, видел в этом благоприятные перспективы передвижения по службе. А беспартийный комсостав, как и в армии, высказывал опасения, что при практическом осуществлении единоначалия он будет вытеснен из Военно-морского флота и заменен партийным комсоставом и комиссарами.
Отношение рядовых краснофлотцев к практическому осуществлению единоначалия, как, впрочем, и красноармейцев, можно охарактеризовать как пассивное и даже безразличное. В основном они также высказывали сожаление, что теряют в лице комиссара и политрука защитника и блюстителя их интересов и нужд. Например, матросы на некоторых судах Балтийского флота стали называть своих командиров «управдомами» за то, что их интересовали только служебные дела и они совершенно не вникали в жизнь и потребности рядового состава.
Однако, несмотря на значительные проблемы, двухлетний опыт практического осуществления единоначалия в РККА и РККФ показал жизненность и необходимость этого института как основы организации управления в вооруженных силах страны. Поэтому в январе 1927 г. на совещании начальников политических управлений военных округов по вопросу о практическом осуществлении единоначалия было решено расширить права командного состава Красной Армии и Флота.