По настоянию советской делегации председательствование на конференции осуществлялось попеременно главами делегаций: от СССР – В. М. Молотовым, а после его отъезда – А. А. Громыко, от США – Э. Стеттиниусом, от Великобритании – А. Иденом, от Китая – Сун Цзы-венем.
В отличие от довоенных международных конференций, работа которых велась на французском или английском языках, в Сан-Франциско при рабочем языке английском официальными языками были признаны английский, французский, русский, китайский и испанский. Тем самым русский язык был утверждён в качестве международного, что соответствовало роли СССР в мире.
На повестке дня был один вопрос – разработка Устава Организации Объединённых Наций.
Острая дискуссия развернулась по вопросу о Совете Безопасности ООН, прежде всего о порядке голосования в нём. Советской делегации удалось отстоять принцип единогласия великих держав – постоянных членов СБ ООН, что было принято большинством голосов участников конференции и зафиксировано в Уставе ООН.
Острая и длительная полемика развернулась также по вопросу о международной опеке. Делегация СССР добивалась того, чтобы зависимые страны получили подлинную национальную независимость, что соответствовало бы и интересам международной безопасности.
В результате острой борьбы конференция приняла компромиссные решения. В статье 76 Устава ООН было записано, что система опеки будет способствовать прогрессивному развитию населения подопечных территорий «в направлении к самоуправлению или независимости, как это может оказаться подходящим для специфических условий каждой территории и её народов, и имея в виду свободно выраженное желание этих народов…» (стр. 469–470).
Конференция завершила свою работу 26 июня единогласным принятием и подписанием Устава Организации Объединённых Наций. Настойчивая и последовательная борьба советской дипломатии в защиту принципов международного демократического сотрудничества принесла свои плоды. Советский Союз вновь доказал, что готов сотрудничать с другими державами – США, Англией, Китаем, если и они этого пожелают. В условиях только что окончившейся войны в Европе, в которой Советский Союз сыграл решающую роль, правительства США и Великобритании сочли необходимым пойти на принятие демократических принципов международного сотрудничества.
В преамбуле Устава дано определение главной цели ООН – «избавить грядущие поколения от бедствий войны, дважды уже в нашей жизни принесшей человечеству невыразимое горе» (стр. 470). Устав ООН обязывает её членов принимать эффективные коллективные меры для предотвращения и устранения угрозы миру и подавления актов агрессии, а также разрешать международные споры мирным путём в соответствии с принципами справедливости и международного права. ООН учреждалась как универсальная организация, и доступ в неё открыт для всех миролюбивых государств, которые принимают на себя содержащиеся в Уставе обязательства и могут и желают их выполнять. В уставе нашёл отражение принцип мирного сосуществования государств с различным социально-экономическим строем.
Главным органом ООН, несущим основную ответственность за поддержание международного мира и безопасности, является Совет Безопасности (СБ ООН). Генеральная Ассамблея является совещательным органом, который собирается, как правило, один раз в год и выносит рекомендации по обсуждаемым вопросам, включая меры мирного урегулирования споров или любой ситуации, если данный вопрос не находится на рассмотрении СБ ООН. Местом пребывания штаб-квартиры ООН был избран Нью-Йорк.
Были также учреждены Экономический и Социальный совет, действующий под руководством Генеральной Ассамблеи, который мог собирать свои сессии в Нью-Йорке или Женеве; Международный суд, который должен работать в Гааге. Устав ООН также предусматривал создание Совета по опеке.
Окончание войны в Европе, разгром и капитуляция фашистской Германии со всей остротой поставили перед великими державами – СССР, США и Англией ряд сложных внешнеполитических проблем. Необходимо было срочно согласовать их позиции в отношении побеждённой Германии в области политики, экономики, решить вопрос о германско-польской границе. Нуждалась также в согласовании политика трёх держав в отношении бывших союзников и сателлитов гитлеровской Германии и по ряду других проблем.
На предстоящей конференции английское правительство намеревалось занять по всем вопросам самую жёсткую позицию и попытаться навязать Советскому Союзу свои условия. Черчилль хотел, особенно на заключительном этапе, «дать бой» советской делегации. Он даже не пытался скрыть, что готов скорее пойти на «открытый разрыв», чем согласиться с предложениями СССР относительно западной границы Польши.
Президент США также предполагал занять на конференции жёсткую позицию, но не готов были идти так далеко, как Черчилль, т. к. США ещё вели войну на Дальнем Востоке и они нуждались в участии СССР в разгроме японских агрессоров.