По оставлении Москвы, двенадцать дней скрывая от Наполеона свои движения к Тарутину, Кутузов более всего старался привести в порядок армии, расстроенные тысячеверстным отступлением от Немана до Москвы, и бессчётными, выдержанными на пути, сражениями. Огромность забот, лежавших на Кутузове, лишала его возможности заниматься всеми подробностями устройства войск. Для сего великого дела был ему необходим искусный сотрудник, и выбор Кутузова пал на Коновницына. Приказом 6-го сентября, назначенного дежурным генералом. С этой минуты до окончания Отечественной войны неразлучный с Кутузовым Коновницын был его правою рукою. Все повеления Кутузова были объявляемы Коновницыным, и через него представлялись фельдмаршалу донесения военных и гражданских властей. При исполнении своей многосложной обязанности, Коновницын не знал покоя и усталости, спал не более трёх часов в сутки и то в неопределенное время. До какой степени оправдан был им выбор Кутузова доказал он в первые три недели после своего назначения в дежурные генералы, блистательным состоянием, в коем находилась русская армия при выступлении её из Тарутинского лагеря.
Накануне дня, назначенного Кутузовым для атаки Мюрата под Тарутиным, 5-го октября, Коновницын заболел жестокою лихорадкою. Кутузов навестил его, прося не ездить в готовящееся сражение. Коновницын обещал исполнить просьбу, но не сдержал слова. Едва отправился Кутузов из Леташевки в Тарутино, Коновницын приказал положить себя в коляску и поехал вслед за фельдмаршалом. Вечер был тёмный и холодный. Болезнь Коновницына усилилась. Изнемогавшего привезли его в Тарутино. Едва мог он говорить, но сила душевная одолела недуг. Перед зарёю, надевши на голову шерстяной колпак, с трудом сел он на своего боевого белого коня и поехал в колонне графа Орлова-Денисова, назначенного обходить Мюрата. Не прошло четверти часа, как послышались выстрелы. Стрелою помчался Коновницын вперёд и прибыл к Орлову в то время, когда после блистательной атаки его, ударили на него французские кирасиры. Обнажив шпагу, Коновницын устремился в рубку вместе с казаками на латников и едва здесь не погиб. Французский кирасир огромного роста уже занёс палаш свой над Коновницыным, но в ту минуту кирасир был сбит с лошади казаком. Свидетель и участник подвига графа Орлова-Денисова, Коновницын оставался при его колонне, пока французы не побежали, а потом поехал к Кутузову, доложить ему об успехах нашего правого крыла. На пути истребил он батальон поляков по следующему случаю: когда он ехал к Кутузову, неожиданно посыпались на него пули этого батальона, стоявшего на месте, где должны были находиться русские войска. То были поляки, сбившиеся с дороги в общей суматохе, происшедшей в Мюратовском лагере. Принимая неприятелей за русских, Коновницын остановился и приказал одному из бывших при нем офицеров, Михайловскому-Данилевскому, сказать батальону, что он стреляет в своих, а потом вести его по надлежащему направлению. Отъехав на небольшое пространство, Данилевский увидел перед собою людей в польских мундирах. Тогда Коновницын взял солдат из находившихся в ближнем лесу войск и наголову разбил поляков.
Через четыре дня после Тарутинского сражения, узнав о появлении больших неприятельских сил на Новой Калужской дороге, Кутузов хотел удостовериться о причине прибытия их туда и, если удастся, разбить их. Коновницын убедительно упрашивал Кутузова возложить на него поручение. Сначала Кутузов согласился. Радостно готовился Коновницын в поход, но когда к нему пришёл Кутузов и уговорил остаться в главной квартире, утверждая, что присутствие его здесь необходимо, вместо него послан был на Новую Калужскую дорогу Дохтуров. Спустя два дня Кутузов удовлетворил пламенное желание Коновницына сразиться с ненавистными ему французами. Подходя к Малоярославцу, где уже кипел бой Дохтурова с корпусов вице-короля Италийского, Кутузов остановился и сказал Коновницыну: «Пётр Петрович, ты знаешь, как я берегу тебя и всегда упрашиваю не кидаться в огонь, но теперь прошу тебя очистить город!» Коновницын взял бывшую свою 3-ю дивизию, повёл её в Малоярославец и, вместе со сражавшимися там русскими войсками, оттеснил французов до моста. Когда после Малоярославского сражения, началось отступление Наполеона, Кутузов повел русскую армию параллельно с неприятельскою. Коновницыну предстояли новые труды по хозяйственному управлению войсками и снабжению их всем необходимым в быстром следовании. Подходя к Вязьме, Милорадович, без разрешения Кутузова атаковал неприятелей. Коновницын неоднократно упрашивал Кутузова идти туда с армиею. Ответом Кутузова был решительный отказ. «По крайней мере, позвольте мне ехать в сражение», – сказал ему Коновницын. Устав от его настойчивости, Кутузов отвечал: «Отвяжись, ты, от меня и ступай, куда хочешь!» Мгновенно полетел Коновницын в бой, явился к Милорадовичу и поехал к войскам, распоряжаясь именем Кутузова. Такое же разномыслие с Кутузовым произошло у Коновницына под Красным, где тщетно убеждал он великого полководца перехватить отступление Наполеона.