Баварские войска не смогли объединиться с расположенным на западе гессенским корпусом, поскольку пруссаки продвинулись к югу и вбили клин между двумя армиями. Главнокомандующий принц Карл двинулся со своими союзниками в Киссинген. Баварцы бились при Киссингене и были оттеснены за линию Майна. Хоть «баварцы и сражались как львы», отмечал генерал Мантойфель, но были сокрушены.
Война была проиграна. Пруссия одержала победу над войсками противника благодаря современному оружию, новым техническим достижениям – телеграфу и железной дороге крупное передвижение войск было быстро осуществлено.
Принц Людвиг (позднее король Людвиг III) был тяжело ранен под Хельмштедтом. Королева Мария посещала фронтовые госпитали во Франконии, оказывая помощь раненым солдатам. Пребывание короля Людвига вдали от войск на острове Роз в разгар войны вызывало в общественности недовольство, короля обвиняли в безразличии и пренебрежении своими обязанностями как главы государства. Король был в депрессии, он боялся не столько военного конфликта, сколько всем сознанием понимал, что его страна не выдержит этой войны и он бессилен что-либо сделать, дабы остановить шквал поражений, который несся со стремительной скоростью. И даже если бы он находился в Мюнхене или на фронте вместе с войсками, король никак не смог бы повлиять на ход событий, от него не зависящих. «Горе тому несчастному, кто должен взять на себя ответственность за эту ужасную войну», – писал Людвиг Рихарду Вагнеру за день до битвы при Кёниггреце.
Отсутствие короля в Мюнхене не говорило о пренебрежении Людвигом своими королевскими обязанностями, разве что только представительскими. Вся письменная документация обрабатывалась королем в течение дня, независимо от его местонахождения, будь то в горах или в отдаленных замках. Доставка бумаг между столицей и королевскими местопребываниями была тщательно организована. Поэтому разговоры среди населения и в прессе о недостаточной готовности короля к его обязанностям и пренебрежении ими можно поставить под сомнение.
После поражения баварцев при Киссингене король Людвиг по дипломатическим каналам от Бисмарка получил предложение – гегемонию Баварии в Южной Германии при исключении Австрии из Германского союза. Это был шанс для Баварии уйти от поверженной Австрии и исправить свое положение после проигранной битвы при Кёниггреце. Заманчивое предложение было отклонено по причине того, что Бавария, придерживаясь рамок союзнических законов и обязательств, не намеревалась начать мирные переговоры без своих союзников.
Людвиг оставался еще по-прежнему на острове Роз. Правительство негодовало. В Мюнхене царила паника после проигранной войны. С этого времени начали появляться первые лживые слухи о безумии Людвига. Посол граф Бломе сообщал в Вену, что в Мюнхене короля считают безумным. Впервые начала зарождаться почва для отстранения от власти короля, которое осуществится только в 1886 году. Принц Карл Баварский в письме брату Людвигу I критиковал безучастность своего внучатого племянника и пророчествовал о его принудительном отречении: «Ты увидишь, что это закончится принудительным отречением». Январский выпуск Mьnchener Neuesten Nachrichten заговорил о высоких кругах, для которых «отречение короля и последующее регентство вовсе не было бы неприятным событием». Венская газета Wiener Zeitung Neue Freie Presse заявляла уже в 1866 году о предполагаемом решении семейного совета проверить душевное состояние короля. Это было сделано в связи с отказом короля приветствовать возвращение войск домой.
Поведение Людвига можно в этом случае трактовать как его полную ненависть к войне и милитаризму. Готовность семьи принца Луитпольда отстранить Людвига II от власти в то время не была настолько большой, чтобы решиться на активные действия. Но это уже были первые звоночки, которые спустя 20 лет зазвонят активно вновь.
В проигранной войне Людвиг возлагал вину на министра Пфордтена и принца Карла Баварского. Но баварская армия проиграла не столько из-за их неверной военной стратегии, сколько из-за недостаточного финансирования военных нужд, плохо обученной армии, неопытных офицеров, несовременного вооружения, которое уступало прусскому.