Всеми фибрами своей пацифистской души Людвиг не желал войны. Но мир не зависел только от одного желания баварского короля, как и председателя министров Пфордтена. Наполеон III, желая воспользоваться военной ситуацией, подумывал откусить от Баварии Пфальц. Потрясенные баварские министры 9 мая начали призывать Людвига объявить мобилизацию, дабы отразить французское вторжение в Пфальц и быть готовыми к войне между Австрией и Пруссией. Из-за угрозы возможной будущей потери Пфальца король был вынужден подписать приказ о мобилизации. Король Людвиг убеждался, что баварская концепция Триады рухнула окончательно и бесповоротно. Австрия постепенно теряла свою гегемонию, у Пруссии развязывались руки, чтобы установить господство над Германией.
Людвига терзали противоречивые мысли, что он вынужден был вступать в войну и оставаться верным перед союзниками и одновременно испытывал глубокую душевную боль, что его народ должен сражаться в братоубийственной войне. Королем завладели даже мысли об отречении, и он стал искать спасения от реалий надвигающейся войны в тылу дружбы. Об этом можно узнать из письма кабинет-секретаря Пфистермайстера королевскому лейб-медику Шляйссу от 15 мая 1866 года: «…Он говорил об отречении на том основании, что у него болит душа и что он хочет уехать в Швейцарию и там жить, и тому подобное… Это привело его к мысли о том, что он предпочитает отречься от престола в пользу принца Отто, который сейчас совершеннолетний, и уехать в Швейцарию к Вагнеру, чем горевать здесь одному на престоле. Все возражения были напрасны, даже предположение напрасно, что господин Вагнер будет первым, кто отвернется от «королевского друга», как только он больше не сможет ничего ему дать или, по крайней мере, не настолько, чтобы удовлетворить потребности Вагнера…»
В этот же день Людвиг уведомил Вагнера в телеграмме о своей готовности отречься и приехать к нему в Швейцарию. На что Вагнер отговаривал короля делать такой решительный шаг, советовал ему «обратить внимание на государственные дела», отказаться от «утешительного уединения в Берге и задержаться в безиденции, оставаться с народом… и открыть ландтаг».
Иностранные послы с критикой наблюдали за поведением короля. Так, 16 мая принц Генрих VII Рейсс цу Кёстриц сообщал Бисмарку: «Поведение его величества короля в нынешнее критическое время производит самое скверное впечатление на публику. Иногда кажется, как будто бы молодой господин делает все сознательно, чтобы разрушить начало такой большой привязанности к своей интересной личности».
Людвиг без предупреждения министров оставил замок Берг и 22 мая приехал в Швейцарию на 53-й день рождения Вагнера, чтобы в тихой дружеской атмосфере хоть на миг отрешиться от горьких реалий. Отсутствие короля несколько дней порождало всевозможные слухи, среди политиков началось волнение. Вернувшись в Мюнхен, Людвиг видел общественное негодование, но скандал вскоре затих.
27 мая в тронной речи Людвига перед ландтагом прозвучали слова: «Я стремился усердно содействовать поддержанию мира в Союзе, сохранение которого является такой же обязанностью каждого члена Союза, как и целостности. И все же я не хочу отказываться от надежды, что рок гражданской войны будет предотвращен Германией; что решение вопроса о Шлезвиг-Гольштейне на пути права и своевременной реформы Германского союза при участии национального представительства нашего великого Отечества можно дать прочный мир. В любом случае Бавария должна быть в состоянии оставаться верной заповедям долга и чести за право Союза, в интересах германской нации и за собственную независимость. Вот почему я приказал мобилизовать армию и созвал ландтаг, чтобы юридически организовать с его консультативным советом и согласием на то, что необходимо для выполнения этой задачи».
Еще большее негодование в обществе вскоре вызвало удаление Людвига вместе с адъютантами на остров Роз во время подготовки к Австро-прусской войне.
Мобилизация баварской армии длилась шесть недель. Еще во времена правления монархов Людвига I и Максимилиана II баварские войска в течение нескольких десятилетий не принимали активного участия в крупных военных походах, военные расходы были сокращены. Баварская армия была слабо подготовлена к будущей войне. Да и сами баварские монархи не проявляли должного интереса к армии, в отличие от прусских королей. Абсолютно немилитаристский Людвиг II был физически крепок и смел, но со своими идеалами о романтическом рыцарстве он считал милитаризм злом и не любил армейский образ жизни. Кроме фельдмаршала принца Карла Баварского, князя Карла Теодора фон Турн-унд-Таксиса, а также Людвига фон дер Танна ни один из баварских генералов не командовал войсками на войне. Недостаточно обученные солдаты и неопытные офицеры с устаревшим вооружением резко контрастировали по сравнению с хорошо подготовленной прусской армией, снабженной самым современным оружием. К тому же не была сформулирована четкая концепция о ведении предстоящей войны. Недостаток финансирования сказался и на австрийской армии, ее вооружении.