Австрийский посол Бломе выражал опасение, что помощь баварской армии будет запоздалой и может вообще не потребоваться. Тем не менее подготовка к войне продолжалась и предпринимались различные усилия для решения возникших проблем. Прусская армия превосходила также австрийскую армию в вооружении, в обучении, в дисциплине, в единстве военного командования.
Душой прусской армии был один из величайших полководцев всех времен, граф Гельмут фон Мольтке. 20 мая Мольтке писал своему брату Адольфу: «Война неизбежна. Я не думаю, что предотвратить ее – в человеческих силах».
В то время как часть прусской общественности выступала за мирное урегулирование конфликта, Мольтке считал войну необходимой: «Пруссия должна теперь выполнить свою немецкую миссию».
На переговорах военного штаба южногерманских государств было решено, что баварская армия совместно с гессенскими, баденскими и вюртембергскими войсками нанесет удар по северу. Это была ошибочная стратегия, поскольку южно-германские войска были отделены от австрийских. Ответственность за это неверное решение возложили на Пфордтена. Когда в штабе коалиций предложили перевести баварскую армию в австрийскую Богемию, Пфордтен отклонил это предложение, мотивируя тем, что армия должна встать на защиту и не покидать Баварию. Председатель министров, по сути, не желал побед ни Австрии, ни Пруссии. По его мнению, чем больше два государства ослабят друг друг в войне, тем больше шансов будет у военной силы «третьей Германии». Ответственность за этот просчет возлагали на генерала фон дер Танна и главнокомандующего принца Карла, которые согласились с ошибочной стратегией Пфордтена.
1 июня 1866 года Австрия вынесла на рассмотрение Бундестага вопрос по Шлезвиг-Гольштейну. Со стороны Бисмарка это было расценено как нарушение условий Гаштейнской конвенции. Австрии был брошен вызов. Наполеон III предложил созвать Европейский конгресс, на что Австрия ответила, что конгресс не уполномочен решать территориальные претензии. Прусской армии был отдан приказ 9 июня оккупировать Гольштейн, который находился под управлением и владением Австрии.
10 июня Бисмарк направил правительствам германских государств циркуляр об основах новой союзной конституции и спросил, готовы ли они присоединиться после роспуска старого Германского союза.
Еще 8 июня Пфордтен получил от Бисмарка письмо и 10 июня проект конституции. Проект предложил Баварии привилегированное положение в Южной Германии, командование армией южнее Майна. Что касалось военного распределения сил, то королю Людвигу предлагалось стать главнокомандующим Южной армией, а король Вильгельм I Прусский выступил бы главнокомандующим Северной армией. Для каждой союзной армии формировался бы общий военный бюджет, который должен быть согласован с национальным представительством и складываться из взносов правительств в их армии. В какой-то мере этот проект согласовывался с пожеланиями Пфордтена, но Бавария при таком раскладе занимала бы позицию лидера не во главе независимой государственной группы, а в пределах нового прусско-германского союза. Австрия при этом бы не входила в состав этого союза, а Бавария оказывалась под прусским сапогом. К тому же прусский аппетит на герцогство Шлезвиг-Гольштейн стоял в противоречии с законами Германского союза. По мнению Пфордтена, это выглядело бы нарушением законов Германского союза, которые он так искренне уважал, и поэтому отклонил новый проект. Он телеграфировал Бисмарку 10 июня, что для Баварии такой альянс был невозможен, поскольку это приравнивается к медиатизации. Если Австрия или Пруссия покинут Германский союз, то этому последует и Бавария, которая будет искать независимости. А Пруссия в таком случае пусть заключает союз с государствами, находящимися в ее северогерманской сфере влияния. Бавария поступит аналогично на юге Германии. И только после этого Бавария сможет вступить с Пруссией в оборонительный и защитный альянс, но не в конституционные союзнические отношения. На следующий день Пфордтен в письме напрасно пытался умолять Бисмарка опомниться, пока не поздно: «Бог мой свидетель, что я не против Пруссии и не сочувствую Австрии. Как немец, пожалуйста, я умоляю Вас, еще раз серьезно посоветуйтесь с Вашей сильной душой, прежде чем сказать решающее слово, последствия которого непредсказуемы».
Король Людвиг на извещение о неизбежности войны продолжал тщетно спорить с Пфордтеном. Не в их силах было остановить войну.