В Святой земле собственно яковиты были представителями монофизитов, хотя их основные общины существовали между Антиохией и Эдессой. Насколько мало значило вторжение крестоносцев для восточных христиан, свидетельствует тот факт, что яковитский патриарх Антиохии никогда не имел резиденции в столице княжества, которая дала ему титул (единственным исключением был Игнатий II, 1222–1252). Его резиденция попеременно располагалась в различных монастырях и городах (часто это была Амида). В середине XI в. при правлении византийцев яковитский патриарх был изгнан из Антиохии. Но положение изменилось после прихода крестоносцев, и он мог беспрепятственно поселиться в христианской столице, но все же он предпочел мусульманскую территорию. Тот факт, что большая часть яковитской общины проживала на мусульманских землях, вероятно, должен был влиять на принимаемые им решения. Но та легкость, с которой патриарх перемещался между землями, населенными исключительно крестоносцами, и мусульманскими областями, говорит о его нежелании проживать только на территории крестоносцев. Сирийская «нация» продолжала существовать в том же виде, что и до прихода завоевателей. Ее общины были разбросаны от Тавра до Иерусалима и от Средиземного моря до Месопотамии, и сирийцами правил патриарх, а в восточных областях его владений –
Главным центром яковитов в Латинском королевстве был Иерусалим. Здесь в сирийском квартале, расположенном между Дамасскими воротами и Иосафатскими воротами, были церковь Святой Марии Магдалины и монастырь с гостиницей. Церковь, по-видимому, была основана коптом Макарием при патриархе Александрии Авве Яакубе (810–830). Монастырь тогда стал яковитским и перестроен с разрешения сельджуков при помощи служившего им яковита Мансура аль-Бальбаи (написание имени может быть ошибочным). Освящение состоялось в 1092 г. в присутствии посланников коптского патриарха Кирилла II. В яковитской традиции было принято считать это строение домом Симона Прокаженного. В церкви был выставлен для поклонения волос святой Марии Магдалины. Яковитские монахи жили в резиденции своего епископа в Иерусалиме (имеется их полный список с 1090 г.), здесь же останавливался приезжавший в город патриарх. Помимо епископов Иерусалима нам известны некоторые яковитские епископы Акры и Триполи в XIII в.
Несмотря на то что отношения с армянскими и коптскими монофизитами были в основном дружественными, случались периоды взаимонепонимания и полемических споров. Одним из наиболее памятных событий был раздор между яковитами и коптами относительно Иерусалима. Как уже упоминалось, ни одна монофизитская церковь не имела патриаршей кафедры в городе. Оазис аль-Ариш на Синае служил границей Антиохийского патриархата (к которому относились иерусалимские епископы) и Александрийского. После завоевания Салах ад-Дином Иерусалима египетские христиане, которые часто посещали Палестину и Сирию, потребовали поставления в святом городе коптского епископа. Патриарх Александрийский Кирилл III назначил епископа (1237), которого он собственноручно рукоположил, хотя это было прерогативой патриарха Антиохийского. Первый коптский епископ был отлучен от церкви патриархом Антиохийским Игнатием II, но франки, которые уже 15 лет правили Иерусалимом после крестового похода Фридриха II, приняли нового епископа, несмотря на протесты яковитов. Яковитский патриарх в качестве мести посвятил негра в епископы Абиссинии, право поставления которого принадлежало только патриарху Александрийскому.
Отношения между яковитами и франками были обычно ровными, но в них сквозила некая снисходительность, едва ли не презрение со стороны франков. Официально яковитские и армянские епископы Иерусалима были викариями латинского патриарха, который вмешивался во внутренние дела яковитов, и довольно часто решение спорного вопроса не обходилось без взятки. Но вмешательство не ограничивалось только церковными вопросами. Крестоносцы переняли обычай мусульман подтверждать выборы восточных патриархов и епископов. В XII в. уже не халиф издавал указ о назначении, но эмиры, правители городов и княжеств. Крестоносцы продолжили их практику, и Амори I подтверждал права яковитского патриарха на кафедру, как и Балдуин IV. Это давало возможность монархам вмешиваться в церковные дела, что считалось обычным делом, поскольку те же самые права они имели и в западной церкви.