Не следует игнорировать разницу между двумя кафедрами. В то время как население Иерусалима при правлении крестоносцев в основном состояло из западных иммигрантов, ситуация в Антиохии была совершенно иной. Здесь большую часть населения, как и раньше, составляли местные греки и яковиты. Это объясняет в большой мере постоянные усилия византийских императоров восстановить греческого патриарха в Антиохии. Когда политические обстоятельства складывались благоприятно, они добивались успеха, и однажды князь Антиохии принял на кафедре грека. Само собой разумеется, что в таких случаях католическая иерархия накладывала на город интердикт, что, безусловно, имело поддержку Рима.
Замена местного духовенства католическим сопровождалась изъятием у восточных церквей их владений. По отношению к ним внешне сохранялась законность, поскольку власти не делали официальных заявлений о подобном грабеже. Католическое духовенство просто забирало себе бывшую византийскую собственность. Так, Готфрид Бульонский и Балдуин I согласно правилам храма Гроба Господня передали ему 30 деревень в окрестностях Иерусалима, а Танкред даровал монахам горы Фавор обширные земельные владения по обоим берегам Иордана. Тем самым они просто подтверждали право католической церкви на собственность своих греческих предшественников. Когда средневековые путешественники и современные историки рассказывают о греческих владениях при правлении крестоносцев, они всего лишь перечисляют остатки былых богатств.
В процессе завоевания многие землевладения местных христианских общин были конфискованы крестоносцами-мирянами. Франкские феодалы не были столь щепетильны в соблюдении прав местных христиан и относились к ним как к завоеванному народу. Требовалось большое терпение и добрая воля королей Иерусалима, а иногда приходилось прибегать и к взятке, чтобы вернуть собственность ее законным владельцам. В связи с этим вспоминается одна история, связанная с яковитской общиной, существовавшей в окрестностях Иерусалима. Ее земли были захвачены франкским рыцарем, и тяжба шла столь долго, что успело смениться целое поколение, пока община не восстановила свои права на землю. Это произошло не в результате судебного решения, но благодаря вмешательству королевы Мелисенды, дочери армянки Морфии Мелитенской, которая была расположена к монофизитам.
Хотя законодательство крестоносцев не делало различий между греческими православными и яковитскими общинами, видимо, греки подвергались большей дискриминации. В сущности, к армянским и яковитским общинам отношение было более терпимым, чем к греческим. С приходом крестоносцев значительно вырос иерархический статус этих двух церквей. Наиболее явственно это проявилось в северных княжествах, которыми незадолго перед тем управляла Византийская империя (Эдесса, Антиохия, Триполи). В этих княжествах византийцы безжалостно преследовали все негреческие христианские меньшинства, и завоевание крестоносцев, которое подорвало позиции греческой церкви, было для этих меньшинств освобождением. В Латинском королевстве перемены не были столь радикальны, но ситуация на севере решительно повлияла на положение в самом королевстве.
Обратной стороной слабости была сила. Греки всегда могли надеяться на политическую и финансовую поддержку Византии. Во времена дружественных отношений между Константинополем и Иерусалимом византийский император брал на себя ремонт церквей и монастырей. Так, Мануил Комнин восстановил и украсил церковь Рождества Христова в Вифлееме во времена короля Амори и отстроил греческие лавры, которые населяли общины отшельников, в Иудейской пустыне и на берегах реки Иордан (1 169). В Вифлееме до сих пор можно видеть результаты этих трудов. Теперь потускневшие, но когда-то яркие мозаики в верхней части стен главного нефа изображают вселенские и местные церковные соборы с надписями на латинском и греческом языках. Однако подобное сотрудничество было редким, и оно резко контрастировало с постоянными напряженными отношениями между двумя частями христианства.
Хотя многие церкви отошли к католикам, церковные учреждения местных христиан полностью не исчезли. Как правило, клир во многих больших и малых церквах сменялся. Церкви и монастыри в деревнях, где продолжали жить восточные христиане, находились в ведении местного духовенства, но под наблюдением католиков.
Даже в больших соборах местное священство, поддерживаемое населением, продолжало служить греческую и сирийскую литургии. Право богослужения в храме Гроба Господня, в отдельных его приделах и на нескольких алтарях было оставлено за представителями некатолической конфессии. То же самое касалось церкви Рождества Христова в Вифлееме. Греки смогли удержаться повсюду, несмотря на насилие со стороны франков. Они сохранили за собой свой монастырь Святого Илии на горе Фавор напротив нового бенедиктинского монастыря.