Крестоносцы упустили нужное время и имевшиеся возможности, и восточные христиане так и не стали их союзниками. Временами местные общины благосклонно относились к их правлению, но в целом они придерживались политики невмешательства. Крестоносцы никогда не ставили местных христиан в один ряд с латинским иммигрантским населением; возможно, к ним относились лучше, чем к мусульманам, но не более того. Если мы будем делать свои выводы, основываясь только на официальных договорах королевства, мы найдем очень мало различий в отношении крестоносцев к тем или иным христианским сектам и, как ни странно, даже к нехристианам. Все они были равны перед законом, пользовались правом внутренней автономии, и им была гарантирована личная безопасность и неприкосновенность имущества. Конечно, были некоторые отличия в правовом статусе, но, видимо, это не было связано с религиозным или этническим фактором. Существовали вилланы как христиане (сирийцы и греки), так и мусульмане; некоторые были прикреплены к земле, некоторые нет. В то же самое время члены всех сект (включая мусульманские и еврейские) жили в городах, платили подушный налог (
Политика властей на предоставление равных прав всем восточным сектам и даже мусульманам и евреям не распространялась на религиозную сферу. В общественной жизни законы принимались исходя из реальности, в области вероисповедной большое влияние имела церковь и ее богословие. Решающее значение часто приобретали сугубо материальные интересы и политика Святого престола.
В наибольшей степени завоевания крестоносцев коснулись греческой православной церкви. В северных княжествах большое число ее приверженцев были византийского происхождения, но на юге в Латинском королевстве это были в основном сирийцы. Они были уроженцами Святой земли или соседних стран и говорили на арабском, но придерживались греческого обряда. В тысячелетней истории сирийских греков были славные периоды, как во времена поздней Римской империи, и периоды мрачные под властью ислама. Но позиции греческой церкви были сильны, собственность обширна, и всегда существовала возможность вмешательства Византии, что должны были учитывать мусульманские правители. Однако все в одночасье изменилось с приходом крестоносцев. Отчасти это было вызвано плохими отношениями с византийским императором и подозрениями в отношении верующих греческой церкви. Но основной причиной стало расхождение в богословских взглядах.
В отличие от яковитов и несториан греческая церковь не была еретической. Хотя православные греки и не были в евхаристическом общении с Римом, обе церкви были частями одного тела. В итоге крестоносцы заявили, что не может иметь место двойная иерархия и что греческая должна быть отменена, и ей на смену должна прийти католическая. Греческая церковь, таким образом, теряла свое первенствующее положение, и ее духовенство теперь было оттеснено на задний план и поставлено под контроль католиков.
Первый акт трагедии разыгрался в Иерусалиме. Греческий патриарх Симеон был изгнан мусульманами и бежал при приближении армий крестоносцев. Завоеватели без всяких колебаний выбрали на его место своего латинского патриарха сразу же после завоевания города. Симеон провел последние годы своей жизни (умер в 1116 г.), странствуя между Кипром и Константинополем, иногда наведываясь в Иерусалим. Его попытки вернуть себе кафедру провалились, и престарелый патриарх дал выход своим чувствам в написании богословских трактатов, обличавших использование опресноков в католическом обряде.
То же самое произошло в другом патриархате – Антиохийском. Греческий патриарх Иоанн оставил кафедру два года спустя после захвата города крестоносцами и удалился в Константинополь. Тогда крестоносцы возвели на кафедру католического прелата. Так как возможностей сопротивления не было, византийская церковь ответила тем, что продолжала назначать номинальных патриархов Иерусалима и Антиохии, которые находились в Константинополе в изгнании.