Историк пишет о детстве Дон Жуана так: «Император не был горд аферой и, когда родился сын, привез того в Испанию и передал на попечение своему любимому слуге Квиадо. Жером воспитывался как обычный крестьянский сын, проводя время в поисках птичьих гнезд, воровстве фруктов из садов и прочих проделках вместе с другими мальчишками. Пока Карл V не умер, практически никто и не догадывался о его, Жерома, существовании. К чести Филиппа II, надо сказать, что своему нежданному младшему брату новый король был действительно рад. Паренек был очень красив, белобрысый, как и сам король, и, что самое главное, имел стройную фигуру, тогда как сын Филиппа Дон Карлос всем этим похвастаться не мог. Филипп рассказал Жерому о его происхождении, взял мальчика ко двору и дал ему новое имя — Дон Жуан Австрийский».
Именно Кихада, Квиадо и его жена Мадалена стали для маленького Иеронима истинными отцом и матерью, окружив его настоящей заботой и любовью. Не имевшая собственных детей Мадалена выплеснула на приемыша все свое нерастраченное материнство. Она лично воспитывала в мальчике благочестие и милосердие, рыцарство и благородство. Учила грамоте и латыни, музыке и этикету.
— Спасибо тебе, Господь, что, вняв моим молитвам, сжалился надо мной и ниспослал такое чудесное дитя! О, я буду любить и лелеять его до самого последнего вздоха! — молилась теперь счастливая женщина вечерами.
При этом все свое свободное время маленький Иероним увлекался рыцарскими поединками. Особо современники отмечают умение молодого принца в объездке диких лошадей.
— Чем занимается мой сын Иероним? — иногда интересовался король.
— Он без устали скачет на лошадях и бросает копье! — докладывали ему.
— Не знаю, получится ли из него достойный правитель, но герой, кажется, уже получился! — провидчески замечал Карл и вновь углублялся в чтение Жития святых.
Один из биографов Дон Жуана пишет об этом периоде нашего героя так: «Три года спустя, когда Карл V удалился в монастырь в Эстремадуру, он назначил к себе гофмейстером дона Квиадо, к которому питал нежную любовь. Однако император до такой степени застыл в формах мертвого этикета и в постоянных интригах своей долгой жизни, что никогда не сказал Хуану ни одного ласкового слова и на одним намеком не дал ему понять о существующим между ними родстве». Два года провел юный Иероним в королевском дворце.
Ближайшими его друзьями в это время были будущий испанский полководец Александр Пармский (сын сводной сестры Хуана Маргариты Пармской и Александра Фарнезе) и наследник престола — инфант, племянник нашего героя Дон Карлос — еще один излюбленный персонаж драматургов и писателей из бурного XVI века.
Отец уже на смертном одре просил сановников содействовать духовной карьере сына. Жуан был отправлен учиться в университет в Алкалу. Однако уже там со всей определенностью начали проявляться такие черты характера юноши, которые никак не вязались с будущим духовным саном: склонность к опасным и амурным приключениям, неудержимая заносчивость, жажда подвигов и славы. В 16-летнем возрасте Жуан уже несколько раз участвовал в операциях испанского флота против турок и пиратов в Средиземноморье. Несмотря на свою молодость, он показывает себя как вполне опытный воин, проявляя рассудительность в принятии решений и смелость в их исполнении. Несмотря на знатность, Дон Жуан первым лезет на абордаж, чем доводит до сердечных приступов приставленных к нему для присмотра седовласых грандов.
21 сентября 1558 года не стало Карла V. Тайна рождения Иеронима давно была уже для всех тайной полишинеля. Карл V перед смертью успел признать дочерью незаконно рожденную Маргариту Пармскую, что касается Иеронима, то назначенный королем 30 тысяч дукатов пожизненной пенсии (сумма по тем временам фантастическая!) ни у кого не вызывали сомнений на сей счет. Старшему и единственному законному сыну-наследнику Филиппу король оставил письмо, в котором просил позаботиться «о естественном сыне Иерониме».
Спустя несколько дней 14-летний Иероним, как бы случайно, встретился на охоте близ Вальядолида с наследником испанского престола Филиппом, который сразу же публично признал в подростке своего сводного брата. Тогда же Иерониму был дан ранг крон-принца и имя «Дон Жуана Австрийского». При большом стечении народа братья переехали жить в новую столицу королевства Мадрид. Брат-король устроил Дон Жуану собственный двор и велел Кихаде заняться «заброшенным перевоспитанием» младшего братца.
— Думаю, что лучше всего будет отправить Дона Жуана на учебу в университет! — подал мысль гофмейстер.
— Хорошая мысль! — одобрил ее король. — Над этим стоит подумать!