Ранняя история Костромы, удаленной от основных центров политической жизни Древней Руси, по-видимому, была не богата историческими событиями и не привлекала внимания летописцев. Впервые они упомянули о ней в 1213 г. в связи с феодальными распрями наследников князя Всеволода Большое гнездо. Князь Ростовский Константин, борясь за великокняжеский владимирский престол с братом Юрием, разорил и сжег Кострому: “Константин же посла полк свой на Кострому и пожже ю всю, а люди изымаша”. Спор между братьями закончился в 1216 г., но кому досталась Кострома, летописцы не отметили. Не сообщили они и никаких подробностей о Костроме в 1237 г., когда татары “попленили все на Волге и до Галича Мерского”, видимо, город был еще не столь значительным, но едва ли он мог быть сохранен врагами. Только в 1243 г. Кострома вновь фигурирует на страницах документов: великий князь Ярослав Всеволодович отдает ее в удел самому младшему, девятому сыну, Василию. Это распределение показывает, что во Владимиро-Суздальском княжестве Кострома была самым малым городом. Став центром удельного княжества, она так никогда и не поднялась до уровня таких крупных центров, как Ростов Великий, Суздаль, Ярославль, Углич. Василий княжил в Костроме 44 года. В 1247 г. он получил прозвище Квашня, применяемое обычно в ироническом смысле к людям нерасторопным, тучным, малодеятельным. В 1272 г. Василий Квашня получил титул великого князя и мог бы переехать во Владимир. Однако он. видимо, настолько привык к Костроме, что остался там до самой смерти (1276).
Летописи не отметили каких-либо значительных событий за его долголетнее княжение Василия Квашни. Описали его женитьбу (однако он умер бездетным), появление иконы Федоровской богоматери, ставшей потом главной святыней города, несколько пожаров, крупную победу над татарским войском, пришедшим под видом получения дани ограбить жителей города. После смерти Василия Квашни костромское удельное княжество осталось в составе великого княжества Владимирского.
Летописные свидетельства конца XIII — начала XIV в. о событиях в Костроме остаются также немногочисленными и отрывочными. В 1283 г. отмечено умерщвление “крамольного и льстивого” боярина Семена Тонглиевича, замешанного в борьбе против великого князя Дмитрия Александровича (сына Александра Невского). В 1293 г. Кострома была отдана в удел сыну Дмитрия — Ивану, но он пробыл там всего один год; в 1294 г. здесь уже княжил Борис Андреевич.
В 1304 г. между князем Тверским Михаилом и князем Московским Юрием началась борьба за великое княжение, которая продолжалась более двадцати лет и закончилась победой Москвы. Кострома выступала на стороне тверских князей и в 1318 г. поплатилась разгромом города. В 1-й половине XIV в. земли костромского княжества постепенно переходят к московским князьям. Иван Данилович Калита, как известно, начав объединение русских земель, часто помимо захвата городов и сел силой приобретал их покупкой. Так, на костромской земле он купил город Галич и крупное село Селище.
В 1340-х гг. процесс объединения костромских земель закончился, а Кострома по ярлыку, полученному Иваном Калитой в орде, вошла в состав Московского княжества.
Летопись второй половины XIV в. описывает довольно необычное для того времени разграбление Костромы новгородскими ушкуйниками, которые пришли сюда в 1375 г. по Волге на 70 ладьях, „много ценностей увезли, а много их потопили в реке“.