Была восстановлена местами почти полностью разрушенная монастырская стена, ее западная башня над Святыми вратами была перестроена в звонницу. В 1871 г. к уцелевшему остатку стены с древним изображением лика святого Николая Чудотворца была пристроена деревянная часовня, замененная в 1892 г. каменной.
Были возведены 3 жилых корпуса для сестер и настоятельский корпус, а также двухэтажный, с подвалом – Трапезный корпус. Позже к западной стене Смоленской церкви пристроили 2 корпуса – казначейский и больничный. Вели ремонт старых зданий и построили новые в Анастасиино-Крестовоздвиженском монастыре на территории Костромского кремля. Этот монастырь игуменья Мария предназначала для учебно-благотворительных целей. Игуменья Мария устроила в монастыре училище для бедных девочек и девушек, из которых готовили сельских учительниц, в 1873 г. открыла
В царский период каждый год тысячи богомольцев-паломников приходили в Богоявленско-Анастасиин женский монастырь, в том числе и члены царского дома Романовых. Например, в 1619 г. здесь молился молодой царь Михаил Федорович, также побывали в этом монастыре императоры Александр III и Николай II (канонизирован). Дважды посетил этот монастырь отец Иоанн Кронштадтский (канонизирован).
Богоявленский Анастасиин монастырь закрыли в 1919 г., его ценности были конфискованы представителями советской власти. По сути, обитель была разорена, обворована. Но в Богоявленском соборе службы еще продолжались. В соборе с 1918 по 1922 г. служил протодиаконом Василий Разумов, которого расстреляли в 1937 г., со временем он был канонизирован. Богоявленский собор закрыли в 1925 г., к 1936 г. разрушили Никольскую церковь, стены и башни монастыря (к 1928 г.), засыпали пруд, уничтожили монастырское кладбище. В закрытых Богоявленском соборе, Смоленской церкви, звоннице разместили Костромской государственный архив, который размещался в них до пожара 1982 г. Тогда погибли дивные соборные фрески.
Затем представители советской власти решили устроить в Богоявленском соборе органный зал, против чего активно выступила костромская общественность. После утомительной борьбы Церкви вернули в 1990 г. развалины Богоявленского собора, а в 1991 г. – Смоленскую церковь и трапезный корпус.
Богоявленский Анастасиин женский монастырь возродился в 1990–1991 гг. Сделано это было в большой мере посланницами эстонского Пюхтинского монастыря по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II (Алексей Михайлович Ридигер, 1929–2008 гг.). Монастырский Богоявленский собор стал кафедральным собором Костромы. В возрожденном монастыре действуют 3 храма: соборный Богоявленский, Смоленская церковь (с древним, широко почитаемым образом Божией Матери Смоленской-Костромской на стене), храм в крипте Богоявленского собора – в честь основателя монастыря преподобного Никиты, его учителя преподобного Сергия Радонежского и великомученика Никиты.
В монастыре его соборный массивный пятиглавый Богоявленско-Анастасиин храм (1559–1565) представляет главную религиозную, историко-архитектурную и культурную ценность. Этот пятиглавый собор был перестроен в 1672 г. на средства бояр Салтыковых, расписан артелью костромских живописцев под руководством знаменитых Гурия Никитина и Силы Савина. Этот храм особенно серьезно пострадал от пожаров 1773, 1847, 1982 гг.; в 1863–1865 гг. он был обустроен притворами (кроме восточной стороны). В этом соборе пребывает с 1991 г. чудотворная Федоровская икона Божией Матери, которой инокиня Марфа благословила сына – Михаила Романова на царствование. От монастырской ограды (разобранной во второй половине XIX в.) сохранилась восьмигранная башня, перестроенная в 1863–1865 гг. в колокольню.