При монастыре созданы с 1993 г. детский девичий приют имени святого Иоанна Кронштадтского на 30 девочек и с 1992 г. богадельня для старушек и инвалидов на 40 человек. В Богоявленском Анастасиином монастыре в начале XXI в. жили 100 насельниц.
Главными святынями Богоявленско-Анастасиина монастыря являются чудотворная Федоровская икона Божией Матери, чудотворная икона-фреска Костромской Смоленской Божией Матери, крест-мощевик в иконостасе с частицами мощей очень многих святых угодников Божиих, в алтаре складень-мощевик трехстворчатый из ризницы Троицкого собора Ипатьевского мужского монастыря Костромы, мощевик с частицей мощей великомученика и целителя Пантелеймона и великомученика Георгия Победоносца, выносной деревянный крест-распятие со святынями из Святой земли (частицы Животворящего Креста Господня, гроба Господня, святой Голгофы), рака со святыми мощами Макария Писемского, святые мощи (под спудом) основателя обители святого старца Никиты Костромского.
С 2000 г. в монастыре мироточат икона преподобного Сергия Радонежского и 7 других икон.
Территорию монастыря осмотреть нельзя, она закрыта для экскурсантов, открыт только Богоявленский собор (в котором пока еще иконостас покрыт не золотом, а белой краской).
Самой главной святыней Богоявленско-Анастасиина женского монастыря является чудотворная икона Божией Матери Феодоровская
, покровительница рожениц и семей, святыня родов Рюриковичей и Романовых. Это одна из самых древних и почитаемых русских икон.