Серьезным фактором, оказывавшим большое влияние на деятельность командиров КБФ, был недостаточный уровень образования подавляющей части командиров. Здесь ситуация была явно неудовлетворительной. Количество командиров с академическим образованием исчислялось единицами, которых не хватало даже для крупных штабов, не говоря уже об основных соединениях надводных кораблей и подлодок Краснознаменного Балтийского флота. Основная масса командиров и начальников КБФ закончила лишь курс военно-морских училищ или Высшие специальные курсы комсостава РККФ. Впрочем, были и такие командиры, которые имели за плечами лишь командирские курсы (по сути, первичное образование) или вообще не имели военного образования.
Таким образом, основными причинами неудовлетворительного состояния командных кадров был всё же очень резкий рост Военно-Морских Сил РККА в 1930-х годы, что привело к значительному увеличению потребностей флотов в командных и начальствующих кадрах, а также неудовлетворительная подготовка командиров в системе военно-морских учебных заведений. Огромные потребности в командных кадрах вынуждали командование быстро передвигать по служебной лестнице молодых командиров, многие из которых в конце 1930-х испытали необычайно резкий служебный рост. В результате такое политики многие командиры не успевали получить необходимый командный опыт на своих должностях, что имело для многих из них в дальнейшем неблагоприятные последствия.
Боевая подготовка Краснознамённого Балтийского флота в предвоенный период носила в целом не вполне удовлетворительный характер. Если выделить самые главные недостатки в системе боевой подготовке КБФ во второй половине 1930-х гг., прежде всего, следует отметить низкий уровень оперативной и тактической подготовки части командного состава, слабую морскую подготовку многих командиров, неудовлетворительное боевое управление соединениями и частями во время учебно-практических мероприятий, совершенно неотработанное взаимодействие различных сил флота, нечеткую работу штабов, очень слабую исполнительскую дисциплину на всех уровнях и неудовлетворительную работу морской разведки.
На невысоком уровне находилась артиллерийская, торпедная, минная и другие виды огневой подготовки большинства соединений надводных кораблей, плохо были подготовлены к торпедным стрельбам экипажи подлодок КБФ. Хуже всего обстояли дела с боевой подготовкой летного состава Военно-воздушных сил флота, который был слабо подготовлен к действиям в сложных и ночных метеоусловиях. В соединениях и частях надводных, подводных сил и морской авиации наблюдался недопустимо высокий уровень аварийности, что приводило к значительным потерям материальной части и личного состава.
Говоря о причинах многочисленных недостатков в БП на флоте, правильным будет отметить, что их причиной являлись отнюдь не одни массовые репрессии среди командно-начальствующего состава КБФ в 1937–1938 годах, как об этом часто говорится в литературе. На самом деле, ситуация выглядела значительно сложнее. Причина низкого уровня БП флота крылась всё же в неправильной организации самого процесса боевой учебы соединений флота, а также в недостаточной оперативно-тактической, морской и технической подготовке части командно-начальствующего состава КБФ. Зачастую командиры достаточно формально относились к выполнению задач по проведению боевой подготовки во вверенных им соединениях, частях и кораблях и слабо контролировали учебу личного состава. Отрицательное влияние оказывало также упрощенчество и условность при постановке командованием флота задач на оперативных играх, отрядных и тактических учениях, маневрах флота. В итоге, результаты большинства учебно-практических мероприятий не давали объективной картины реального положения с БП на флоте и создавали иллюзию сравнительного благополучия в этой области.