Определенный шанс исправить создавшееся положение был предоставлен Краснознаменному Балтийскому флоту (как и всему Военно-Морскому Флоту в целом) после окончания войны с Финляндией зимой 1939–1940 годов. Советско-финляндская война вскрыла значительные недостатки в системе управления и боевой подготовки Военно-Морского Флота. Чтобы извлечь необходимый опыт из прошедших военных действий, сразу же по окончании войны было проведено расширенное совещание командно-начальствующего состава КБФ. На мартовском совещании 1940 г. в Ленинграде командиры получили редкую возможность высказать свои соображения о причинах наших неудач в советско-финляндской войне. Выступления участников совещания носили, как правило, откровенный и критический характер и содержали в себе немало ценных предложений относительно улучшения общей ситуации на флоте. Народный комиссар ВМФ призывал как можно скорее внедрять боевой опыт в повседневную практику флотов и с этой целью провёл целую серию заседаний Главного военного совета ВМФ, где рассматривались различные аспекты боевого применения флотов в войне с Финляндией. По итогам совещаний были сделаны в целом правильные выводы об изменении плана боевой подготовки Военно-Морского Флота в мирное время и разработке новых уставов и наставлений о деятельности флота.
Краснознаменный Балтийский флот в 1940-м году оказался в крайне сложном положении. С одной стороны, перед командованием КБФ стояла задача как можно быстрее учесть уроки советско-финляндской войны и использовать их в процессе боевой подготовки. Но с другой стороны, Балтийский флот летом 1940 г. оказался в сложной ситуации, когда ему пришлось спешно осваивать полученные новые территории в Прибалтике и усиленно заниматься там оборонительным строительством. Командованию КБФ неизбежно приходилось уделять большое внимание вопросам обустройства в новых базах, явно в ущерб боевой подготовке флота. В силу этого обстоятельства, боевая подготовка на флоте оказалась запущенной, что привело к неудовлетворительным результатам к концу 1940-го года. В итоге, когда в декабре 1940 г. нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов стал подводить итоги боевой подготовки флотов за год, выяснилось, что на КБФ имеются очень большие недостатки в боевой подготовке соединений флота.
В первой половине 1941 г. большинство учебно-практических мероприятий на КБФ имели невысокие результаты, что свидетельствовало о неблагополучном положении с подготовкой личного состава. Резкое сворачивание БП на Балтийском флоте к лету 1941-го года привело к тому, что наиболее важные флотские учения так и не удалось провести и личный состав не получил необходимой практики. Таким образом, полностью учесть опыт военных действий с Финляндией, и применить их на практике накануне Великой Отечественной войны у КБФ не получилось, и боевая подготовка страдала большими недостатками.
Большим недостатком в процессе подготовки КБФ к грядущей войне был довольно формализованный процесс оперативного планирования. К сожалению, порядок оперативного планирования ВМФ в предвоенный период был построен таким образом, что кардинально изменить что-либо в нем было невозможно. Первоначально руководство Наркомата обороны СССР и Генерального штаба РККА, а впоследствии – Наркомата ВМФ и Главного морского штаба выдавали командованию КБФ задание на разработку плана боевых действий, где уже были определены вероятные противники и боевые задачи флота. Далее командование Балтийского флота лишь занималось лишь детализацией плана и оформлением всех необходимых оперативных документов. В итоге, командованию КБФ приходилось воевать по совершенно надуманному сценарию войны, который изначально носил слишком благоприятный для советской стороны характер. Кроме того, Балтийский флот оказывался загруженным большим количеством боевых задач, над реальностью выполнения которых никто из командования ВМФ и КБФ всерьез не задумывался. В результате, план боевых действий флота превращался в такой документ, который устраивал бы высшее военное руководство армии и флота.