Последовали бои с германскими и румынскими войсками, после Брест-Литовского сепаратного мира оккупировавшими западную часть бывшей Российской империи. Полк Уборевича участвовал под Одессой в боях с немцами. Полковой командир был ранен и контужен, попал в плен к оккупантам. Знание немецкого языка помогло ему бежать из заключения.
Беглец, как мог, пробирался от Одессы до родной литовской деревни. Но и в Литве стояли германцы. Тогда Иероним таким же путем смог добраться до Петрограда, где записался добровольцем в ряды создававшейся Красной армии. Офицера-фронтовика направили инструктором артиллерии на Северо-Западный фронт.
О таких добровольцах, как подпоручик Иероним Уборевич, Маршал Советского Союза К.Е. Ворошилов писал: «…Унтер-офицеры и грамотные революционные солдаты были… желанными кандидатами на строевые, административные и даже штабные должности». Их очень не хватало советской власти в начинающейся Гражданской войне, когда начиналось массовое формирование красноармейских войск.
Следует заметить одно немаловажное обстоятельство для биографии Уборевича: он умел командовать людьми, хорошо разбирался в тактике и умел в трудный час принять верное решение на бой. Иначе говоря, он сразу же стал заметен среди красных командиров своей готовностью занимать начальственные посты. Но не в тылу и в штабах, а на линии фронта.
Летом 1918 года инструктор артиллерии, воевавший на Русском Севере, назначается командиром тяжелой батареи, которая вскоре стала образцовой. Умело вел контрбатарейные дуэли с противником, организовывал артиллерийскую разведку, заботился о быте подчиненных.
В сентябре следует назначение перспективного и решительного краскома командиром Нижне-Двинской бригады Северного фронта, которая вела успешные боевые действия на берегах Северной Двины. Это смотрелось как признание достоинств начинающего краскома.
Заслуга И.П. Уборевича в борьбе с контрреволюцией на Русском Севере в должности командира бригады была отмечена высоко. В приказе Реввоенсовета Республики № 36 от 17 апреля 1919 года говорилось о пожаловании орденом Красного Знамени:
«Награждается… командир Двинской бригады тов. Иероним Петрович Уборевич-Губаревич за то, что благодаря его личному умелому и энергичному руководительству частями вверенной ему бригады, в боях с 10-го по 15-е октября 1918 года противнику было нанесено решительное поражение у д. д. Селецкой и Городецкой, причем нам досталась огромная добыча: 10 орудий, склады обмундирования, продовольствие, повозки и проч. Во время всех боевых операций тов. Уборевич-Губаревич своей личной доблестью воодушевлял войска, присутствуя в самых опасных местах и показывая пример отваги и самоотвержения».
Уже в декабре Иеронима Уборевича ожидало заметное повышение в должности – он назначается начальником 18-й стрелковой дивизии. В то время она активно оборонялась на архангельском и котласском направлениях от белых войск и сил Антанты. Такая активность на фронте как нельзя лучше отвечала стремлениям молодого по возрасту комдива показать себя на деле.
В начале 1919 года 6-я Отдельная армия (командующий – А.А. Самойло), в состав которой входила 18-я стрелковая дивизия И.П. Уборевича, была готова начать наступательные действия, хотя по силам она заметно уступала противнику. В конце февраля Главное командование Красной армии, придавая «огромное значение быстрому и своевременному захвату г. Архангельска с его портом и складами до наступления весны», приказало в течение 15–20 дней овладеть городом. Для усиления 6-й Особой армии ей придавалась часть 1-й Камышинской стрелковой дивизии.
12 марта Самойло и его штаб разработали план операции по овладению Архангельском. Главный удар намечалось нанести от Вологды. 1-я бригада 18-й стрелковой дивизии совместно с отрядами партизан и лыжников в ночь на 14 марта должна была начать наступление в направлении деревень Моржегорская и Ивановская, чтобы отрезать Северо-Двинскую и Важскую группы противника от Архангельска и этим отвлечь их резервы из района Селецкое, Сийское.
Другой, 2-й бригаде Уборевича и трем полкам 1-й Камышинской дивизии ставилась задача на следующий день, 15 марта, перейти в решительное наступление в направлении железнодорожной станции Обозерская и деревень Селецкое, Антоновская.
Красные полки начали наступление в исключительно сложных условиях. Морозы в северных лесах достигали 30 градусов. В батальонах 18-й стрелковой дивизии, ведущих фронтальное наступление на вражеские позиции, обмороженными и замерзшими людьми выбыло из строя почти половина состава. Все же колонна, которой командовал П.А. Солодухин, прошла в сильный мороз 60 километров, соединилась с Шелксинским партизанским отрядом О.Н. Палкина и в ночь на 18 марта внезапно атаковала гарнизон неприятеля в деревне Большие Озерки, которая была взята с боя.