В январе 1912 года ленинцы созвали партийную конференцию в Праге. Все остальные группы отказались в ней принимать участие. Несмотря на это, конференция объявила себя VI Всероссийской конференцией РСДРП, решения которой обязательны для всех членов партии. На конференции был избран большевистский ЦК, в который вошли Владимир Ленин, Григорий Зиновьев, Серго Орджоникидзе, Иосиф Сталин, Роман Малиновский (будущий депутат Государственной думы, являвшийся, как потом выяснилось, еще с 1910 года секретным агентом полиции). Именно с этого времени можно говорить, что у большевиков появилась своя партия. 22 апреля 1912 года в Петербурге вышел первый номер газеты «Правда». Формально она не считалась органом большевиков, а была легальной «ежедневной рабочей газетой». Так что сотрудничали в ней сначала не только «твердые ленинцы». Литературный отдел газеты в 1912–1914 годах, например, возглавлял Горький. С ноября 1912 года в ней начал публиковаться и Богданов.
Ленин внимательно читал его статьи и часто резко критиковал их. Была бы его воля, он бы вообще запретил Богданову доступ к «Правде». И, надо сказать, всячески старался сделать это. В феврале 1913 года Ленин писал Горькому; «Нет, с ним каши не сваришь! Прочел его «Инженера Мэнни». Тот же махизм = идеализм, спрятанный так, что ни рабочие, ни глупые редактора в «Правде» не поняли. Нет, сей махист безнадежен…»
Очередным поводом для кампании против Богданова стал следующий случай. Он, в частности, писал под рубрикой «Из словаря иностранных слов» популярные заметки, разъясняющие смысл новых различных понятий. Вышли его статьи «Класс», «Партия», «Тактика», «Политика», но, когда он попытался объяснить смысл слова «идеология», это расценили как попытку Богданова «протащить» в газету свою философию. Ленин по этому поводу заметил, что Богданов не только политически, но и идеологически нездоров. «А богдановская «Идеология», наверное, ересь: обещаюсь вам доказать это точно!!» — писал он. Это ему удалось. Под давлением «ленинцев» сотрудничество «Правды» с Богдановым было прекращено. В начале декабря 1913 года она напечатала список своих авторов на будущий год, среди которых не было ни его, ни Луначарского. Богданов попытался добиться ответа от редакции, почему это произошло, но ответы были туманными и уклончивыми. В письме в редакцию он замечал: «Мне грустно давать такую характеристику поведению людей, с которыми я работал; но факты говорят непреложно: «ответ» мне редакции — недостойная увертка, и, к сожалению, вполне обдуманная, сознательная. Это — не «пролетарская» правда». Богданов прямо обвинял Ленина, Зиновьева и Каменева в том, что они превратили газету, «задуманную в интересах рабочих, в свою «семейную собственность».
В феврале 1914 года в газете «Путь Правды» появилась статья Ленина «Об А. Богданове», в котором он прямо объяснял, почему Богданова перестали печатать «в рабочих газетах и журналах». «Потому, что А. Богданов не марксист», — отвечал он, а объяснения, связанные с «личными отношениями, злокозненностью отдельных лиц» — это все «сплошные пустяки, недостойные ни разбора, ни объяснения».
«А. Богданов создал в своих книгах известную социально-философскую систему и… против этой системы, как немарксистской и противомарксистской, высказались все марксисты без различия фракций… — писал Ленин. — Марксисты убеждены, что совокупность литературной деятельности А. Богданова сводится к попыткам привить сознанию пролетариата подмалеванные идеалистические представления буржуазных философов… Вот в чем суть дела, своекорыстно затемняемая намеками на личные отношения». А все попытки свести дело на «личности», по словам Ленина, нужно отбросить «как грязный сор».
Но этот стиль «чистого идейного противоборства» Ленину удавалось выдерживать не всегда. «Богданов — ничто жество, которому смешно уделять много внимания», — написал он в редакцию журнала «Просвещение» в те же самые дни, когда публиковалась его статья «Об А. Богданове». Все-таки ему, конечно, не могло понравиться, что автор «Красной звезды» отводил ему место в строю «упырей» и «бессознательных рабов» Маркса.
История с «Правдой» была, по-видимому, решающим событием, которое заставило Богданова отойти от «чистой политики» и партийной работы, хотя формально из РСДРП он не выходил. «Я посвящу себя научно-просветительской задаче и займусь иной деятельностью, в которой буду более свободным, и, я надеюсь, — более полезным», — писал он.