В 1914 году Богданов закончил несколько работ: «Введение в политическую экономию», «Памяти великого учителя» (о Карле Марксе), «Наука об общественном сознании». В книге «Десятилетие отлучения от марксизма. Юбилейный сборник (1904–1914 гг.)», в которой еще раз «прошелся» по своим «философским» противника, он особо подчеркивал авторитарность мышления Ленина. «Я говорю не просто о грубой властности характера — недостатке, который может быть уравновешен и исправлен влиянием товарищеской среды. Я имею в виду самый способ мышления», — отмечал он. Богданов писал о «слепой, наивной вере» Ленина «в авторитеты», которой, по его мнению, был пронизан «Материализм и эмпириокритицизм», и его «недопустимых» приемах в полемике. «Для великого класса, — замечал Богданов, — в котором живет чистый порыв и высокий идеал, культурно недопустимы приемы борьбы мелкие, грязные, унижающие».
Полностью сосредоточиться на «научно-просветительской задаче» ему, впрочем, не удалось: началась Первая мировая война. Она еще больше развела их с Лениным. Ленин оставался в эмиграции, где выдвинул свой знаменитый лозунг «превращения империалистической войны в гражданскую». А Богданов эту позицию не принял: в гражданской войне он видел угрозу «расточения лучших сил народа», а шансы на совершение мировой социалистической революции считал весьма сомнительными.
Еще в октябре 1913 года Богданов вернулся в Россию. Он смог это сделать потому, что по случаю 300-летия царствования династии Романовых император Николай II объявил амнистию. Она имела довольно ограниченный характер, но разрешала возвращаться политическим эмигрантам, которые покинули страну до 1 января 1909 года. Богданов под эту категорию как раз подпадал.
«Вернувшись в Россию, в 1914 году был послан на фронт в качестве врача», — писал он в автобиографии. Служил Богданов полковым врачом, участвовал в боевых действиях. Долгое время о нем не было никаких известий до того, как в 1915 году он вернулся с фронта. То, что он увидел на войне, стало серьезным испытанием для его психики. Наверняка сказались и напряжение, и переживания предыдущих лет. В общем, домой Богданов вернулся
После выхода из клиники Богданов служил младшим ординатором 153-го эвакуационного госпиталя, который располагался в Москве на Покровке, и получал не очень большое жалованье — чуть больше 167 рублей. При этом давал деньги на воспитание сына и помогал родителям. «Котик болел… да и сейчас не вполне здоров. Словом, расходов у нас очень много, и на нашу помощь нельзя рассчитывать в большой мере», — сообщала в начале 1916 года в одном из своих писем Наталья Богданова-Корсак.
Его представляли к награде за храбрость: за то, что он вывел из-под огня колонну раненых, но сверху последовал отказ. Там, видимо, помнили его «революционные заслуги».
На войне Богданов своими глазами видел, как от потери крови умирают раненые солдаты. И был потрясен тем, что русская медицина не могла им помочь. Именно во время Первой мировой войны начало широко применяться переливание крови, и Богданов об этом знал. Но Россия, как обычно, отставала. Вероятно, именно тогда к его философско-мистическим исканиям в сфере «тайн крови» прибавился и чисто практический аспект — он понял, что переливания необходимы не только для «омоложения» организма или создания «физиологического братства». Необходимо создать и хорошо организованную службу переливания крови для помощи больным и раненым во время военных действий или чрезвычайных ситуаций. Богданов считал, что эта задача имеет важнейшее государственное значение.
Богданов приветствовал Февральскую революцию 1917 года. Между февралем и октябрем он был близок по взглядам к группе меньшевиков-интернационалистов, которые выступали против войны, коалиции с буржуазными партиями, но против курса на социалистическую революцию и власть Советов, который провозгласил Ленин. Богданов в эту группу не входил (ее наиболее известным представителем был Юлий Мартов), но активно печатался в популярной тогда газете «Новая жизнь». Среди ее редакторов были Горький, Базаров, Николай Суханов (известный сегодня благодаря своим «Запискам о нашей революции»), ну и сам Богданов.