Двенадцатого апреля в Петербурге умер известный писатель-народник Николай Щелгунов. За его гробом на кладбище шли несколько сотен студентов (полиция насчитала от 500 до 700), говоривших на похоронах не очень-то благонадежные речи. Был замечен на кладбище и Леонид Красин. В тот же день оба брата были арестованы. 18 апреля их исключили из института без права поступления в другие вузы страны, а 20 апреля выслали из столицы. 15 мая братья Красины прибыли в Нижний Новгород. Сняли комнату на окраине города, зарабатывали в основном чертежными работами. Леонид некоторое время прослужил инженером на заводе промышленных горнов в деревне Кохма. Затем он записался вольноопределяющимся в Нижегородский полевой инженерный батальон. Герман последовал примеру брата — поступил в пехотный батальон.
Шестого мая 1892 года братьев снова арестовали. На этот раз в связи с делом руководителя марксистского кружка в Петербурге Михаила Бруснева, в работе которого они принимали участие. Связи Красиных и Бруснева сохранялись и после их высылки из столицы, и когда в апреле полиция арестовала Бруснева в Москве, то «ниточка» потянулась и в Нижний. Германа вскоре отпустили, а Леонида перевезли в Москву и посадили в Московский губернский тюремный замок, то есть в Таганскую тюрьму, в просторечии «Таганку». Поместили в одиночную камеру № 505 — на самом верхнем этаже. Из окна камеры Красин мог видеть башни Кремля. Позже он вспоминал, что самым трудным был первый месяц заключения, когда ему не разрешали свиданий, писем и посылок. Полная оторванность от мира в четырех стенах. Красин, однако, пытался «оставаться в форме» — делал зарядку, решал математические уравнения (писал их на стене куском штукатурки), мыл окна и полы в камере, играл сам с собой в шахматы — он их вылепил из хлебного мякиша.
Потом стало легче — разрешили переписку и посылки. Красин изучал немецкий язык, много читал, тем более что вызывали на допросы его крайне редко — полиция, похоже, уже не знала, что делать с ним. Факт своего знакомства с Брусневым и другими членами кружка он не отрицал, но этого было мало. Доказать же, что Красин действительно занимался нелегальной деятельностью, следствие не смогло. В итоге, после девяти месяцев заключения, в марте 1893 года, его освободили под залог и в чине унтер-офицера перевели в 12-й пехотный Великолуцкий полк, дислоцированный в Туле. В октябре он был освобожден от военной службы и уволен в запас.
Красин работал мастером на строительстве железной дороги Харьков — Балашов, затем искал работу в Воронеже, но продолжал оставаться под тайным надзором полиции и формально под продолжавшимся следствием по делу группы Бруснева. 16 декабря 1894 года полицейский агент сообщал, что он отказался присягнуть вступившему на престол после смерти Александра III Николаю II. Тогда же, в декабре, были утверждены приговоры членам кружка. Бруснев получил четыре года тюрьмы и десять лет ссылки в Сибирь. Что касается Красина, то его приговорили к трем месяцам одиночного заключения и трем годам ссылки в Вологодской губернии. Это, кстати, был первый политический приговор, утвержденный новым императором.
Родственники хлопотали за Красина перед властями. Они просили изменить ему место ссылки и вместо Вологодской губернии отправить в Иркутск. Понятное желание — Иркутск все-таки был тогда центром Восточной Сибири. Впрочем, вскоре и в вологодской ссылке окажется столько философов, публицистов, экономистов, что Вологду в шутку назовут «северными Афинами». Но это будет еще через несколько лет.
Еще одной причиной просьбы об изменении Красину места ссылки было его подорванное здоровье. Родственники писали министру внутренних дел, что в Иркутске он в случае чего сможет быстро получить медицинскую помощь, а в вологодской глуши — нет. И, в общем, они добились своего. Красину было предписано отправиться в Иркутск за свой счет и жить там под гласным надзором полиции в течение трех лет.
В ссылке Красин проявил свой необычный характер.
Большинство русских политических ссыльных не работали. Заставить работать насильно власти их не могли, да и часто в тех местах, где они находились, никакой работы найти было нельзя. В основном они занимались самообразованием, писали статьи и книги, по возможности занимались пропагандой среди местного населения. Многие из них потом признавались, что именно ссылка стала для них настоящей «школой» или даже «университетом».