Буш, глубоко потрясенный тем, что произошло 11 сентября, или, как стали называть этот день, 9/11, вскоре взял себя в руки и призвал страну положить конец терроризму во всем мире, обещая победить Аль-Каиду и захватить бен Ладена «живым или мертвым». Конгресс незамедлительно принял резолюцию, дававшую президенту полномочия для «использования любой необходимой и соответствующей силы против тех стран, организаций или лиц, которые, по его мнению, спланировали, санкционировали или совершили теракты 11 сентября 2001 г. или способствовали их проведению». Совместно с Великобританией и другими странами США после массированных бомбардировок и наступления наземных сил в течение шести месяцев свергли режим талибов в Афганистане и положили конец деятельности Аль-Каиды в этой стране, но бен Ладен и многие лидеры Аль-Каиды бежали в отдаленные районы северной части Афганистана или на юго-восток Пакистана. В конце 2008 г. бен Ладен все еще оставался на свободе, хотя к этому времени он стал скорее символом мусульманского террора, чем реальным действующим лицом, а Аль-Каида, восстановив свои силы, возобновила террористические атаки.
В Афганистане создали временное правительство и провели демократические президентские выборы, на которых победу одержал Хамид Карзай, но его власть ограничивалась районами вокруг Кабула, а сельскую местность контролировали полевые командиры. Талибан оставался в Афганистане мощной силой и весной 2007 г. вернулся к борьбе за власть. К сожалению, Буш не приложил усилий, чтобы довести интервенцию в Афганистане до успешного завершения, а направил внимание на другую ближневосточную цель – Ирак.
Существует мнение, что Буш с самого начала стремился свергнуть Саддама Хусейна, в чем его активно поддерживали вице-президент Ричард Чейни и министр обороны Дональд Рамсфелд. Важную роль в его намерениях мог сыграть отказ его отца от преследования Хусейна после окончания Войны в Персидском заливе, иными словами, желание завершить то, что сделал отец. В своем обращении Буш-младший осудил режимы Ирана, Ирака и Северной Кореи как «ось зла, угрожающую миру на Земле». Эти страны, по его мнению, стремились разрабатывать или уже фактически разработали химическое, биологическое или ядерное оружие массового поражения (ОМП).
Буш также настаивал на том, что война с терроризмом требует от Соединенных Штатов «сдерживания и защиты от угрозы, прежде чем она будет приведена в действие». Эта новая и опасная политика означала, что Соединенные Штаты при необходимости могут и будут действовать превентивно и самостоятельно. Такая существенная перемена в американской внешней политике заметно подорвала влияние и авторитет США в Западной Европе и в других регионах. США стали воспринимать как всемирного «хулигана», навязывающего свою волю, политику и цели другим странам.
Война с террором и вопросы национальной безопасности вынудили администрацию Буша продолжить политику увеличения президентских полномочий, позволявших избегать надзора со стороны конгресса и судов. Осенью 2001 г. был принят Закон о патриотизме (Закон о сплочении и укреплении Америки путем обеспечения надлежащими средствами, требуемыми для пресечения и воспрепятствования терроризму от 2001 г.), предоставивший федеральному правительству беспрецедентную власть для получения информации о деятельности граждан и задержания вероятных террористов. Второй Закон о патриотизме, принятый в 2003 г., расширил полномочия правительства по проведению слежки и тайных арестов. Многих американцев беспокоили неограниченные полномочия администрации, позволявшие прослушку граждан без предварительного постановления суда. Используя возросшие полномочия, правительство задержало свыше тысячи подозреваемых, некоторые из которых были американскими гражданами, и заточило их в Гуантанамо на Кубе, причем лишь немногие предстали перед судом. Администрация считала себя вправе не прибегать к судебным процедурам во имя национальной безопасности.
В 2002 г. было образовано Министерство внутренней безопасности США. В него вошли 22 учреждения, включая службы иммиграции, натурализации, береговой охраны и управления аэропортов, таможенную службу, разведывательное управление. Федеральное агентство по чрезвычайным ситуациям ошибочно объединили с Министерством внутренней безопасности, и допущенная оплошность дала о себе знать, когда 29 августа 2005 г. на побережье Мексиканского залива обрушился ураган «Катрина», а министерство не сумело оказать надлежащую помощь его жертвам. Министерство внутренней безопасности стало вторым по численности после Министерства обороны, и многие граждане не без основании опасались, что их гражданские свободы и право на невмешательство в частную жизнь будут нарушены.