Работы по «наращиванию» надстроек на корме крейсера явились прямой противоположностью мероприятиям, проводившимся в его носовой части. Стремясь снизить объём незащищённых бронёй конструкций, уязвимых от неприятельского огня, МТК своим журналом от 2 декабря 1906 г. за № 10 упразднил носовую ходовую рубку, размещённую поверх боевой, с одновременным демонтажом и верхнего носового мостика. При этом два прожектора, устанавливаемые на его крыльях, предполагалось перенести на нижний мостик, а для уборки их под броню во время боя в палубе мостика, верхней и батарейной палубах предусматривались специальные горловины с направляющими. Приборы же управления кораблём - электрический и ручной штурвал, машинный телеграф и главный носовой компас планировалось разместить прямо на крыше боевой рубки в дополнение к имеющимся внутри её. Однако подобное их расположение делало затруднительным управление крейсером в длительном плавании особенно в штормовую погоду, что неоднократно отмечал в своих донесениях В.Ф. Пономарёв. Рапорты настойчивого каперанга, по-хозяйски вникавшего во все вопросы постройки вверенного ему корабля, возымели действие - 20 апреля 1907 г. Морское министерство известило командира «Адмирала Макарова» о решении вице-адмирала И.М. Дикова «сохранить в первоначальном виде ходовую рулевую рубку и верхний мостик с установкой на нём двух прожекторов, оставив без изменений лишь способ их уборки под броню».[7
РГАВМФ, ф. 421, оп. 1 ,д. 1725, л. 102.]Наряду с надстройками столь же радикальным изменениям подвергся и рангоут. В конце ноября 1906 г. в целях снижения заметности крейсера и затруднения в определении элементов его движения было признано целесообразным сократить количество мачт до одной, переместив оставшуюся ближе к миделю. Возможность подобного отступления от первоначального проекта подтвердил капитан 1-го ранга Залевский, доложивший в Петербург, что обе мачты на «Адмирале Макарове» возможно заменить одной посередине корпуса в районе 14-15 носовых шпангоутов. Так и поступили - обе уже поставленные мачты демонтировали, заменив их единственной между второй и третьей дымовой трубой.
К числу других переделок, не столь значительно меняющих внешний облик строящегося крейсера, относились отказ от сетевого заграждения и упразднение громоздких и неудобных стрел Темперлея, а также покрытие верхней палубы 35 мм слоем шведской мастики Викерстрема взамен традиционного тикового настила. Последнее новшество было внедрено в марте 1907 г. на основании опыта недавней войны и, несмотря на более чем 50-тонную перегрузку, считалось едва ли не основным средством защиты от пожаров при попаданиях неприятельских снарядов.
Этот же «патентованный материал» намечено было применить и для внутренних помещений крейсера, против чего, однако, решительно высказалось большинство специалистов, включая и капитана 1-го ранга В.Ф. Пономарёва. Их отзывы в конце концов убедили Морское министерство в ошибочности принятого решения и в декабре 1907 г. в Тулон ушло предписание покрывать палубы в жилых помещениях «Адмирала Макарова» традиционным линолеумом. Столь же неудачным оказался и опыт окраски помещений негорючим составом «Националь», слой которого после высыхания начинал трескаться и «отпадать кусками от малейшего прикосновения, не идя ни в какое сравнение с риполином».
Наряду с отделкой жилых помещений командиром крейсера был поднят вопрос и о расширении их площади - увеличенная по сравнению с «Баяном» на 49 человек численность экипажа влекла за собой явную нехватку «спальных» мест. По мнению капитана 1-го ранга Пономарёва работы по перестройке некоторых помещений (в т.ч. превращению части офицерских кают из одноместных в двухместные) «не составили бы особых затруднений», однако резолюция начальника ГУКиС была более чем категорична: «Никаких изменений и переделок не делать».[8
РГАВМФ, ф. 427, оп. 1 ,д. 1698, л. 8.]И, наконец, одним из завершающих постройку мероприятий стало оборудование на крейсере перевязочного пункта и других помещений «госпитального» назначения, проектировавшихся при участии флагманского доктора Балтийского флота действительного статского советника Р.И. Гловецкого. Благодаря его настоятельным рекомендациям удалось увеличить вместимость корабельного лазарета до 11 коек (вместо 6 по прежнему штату), предусмотреть отдельную каюту для фельдшеров, переделать вентиляцию аптеки и приёмной, а главное - перенести перевязочный пункт под броневую палубу подальше от котельных отделений, обеспечившего безопасность и относительно более комфортные условия работы медперсонала.[9
Оборудование и интерьер перевязочного пункта «Адмирала Макарова» летом 1907 г. экспонировались на Международной морской выставке в Бордо, где удостоились высшей награды и уже оттуда под наблюдением Р.И. Гловецкого, назначенного заведующим экспозицией, были перевезены в Тулон для установки на крейсере. // РГАВМФ, ф. 421, on. 1, д. 1650, л. 370-375.]