Не осталась без внимания и корабельная артиллерия. К 1 сентября 1906 г. завершилась поверочная сборка на берегу вертикальной защиты обеих 8" башен, в батарейной палубе были полностью закончены три из восьми фундаментов для 6" и все основания для 75 мм пушек, порты для которых вырубались в бортовой броне уже после её установки.[4
РГАВМФ, ф. 427, оп. 1 ,д. 1576, л. 88.] Вместе с тем сами орудия поступали на крейсер с большим опозданием - ОСЗ, в связи с внутренними трудностями, смог доставить на Морской полигон в Санкт-Петербурге оба 8", а также два из восьми заказанных 6" орудий, только в июле 1907 г. После обязательных испытаний стрельбой вместе со станками эти пушки отправили во Францию. [5 В ходе спешных работ по отгрузке уже испытанных орудий не обошлось без казусов. Так, уже во Франции обнаружилось отсутствие в сальниках компрессоров 8" пушек обеспечивающей герметичность пеньковой набивки, о чем старший артиллерист «Адмирала Макарова» лейтенант Де- Ливрон не преминул в достаточно резкой форме сообщить на Металлический завод, ответственный за производство станков. При этом последний, сознавая свою оплошность, обещал прислать сразу двойной комплект материалов. // РГАВМФ, ф. 421, on. 1, д. 1756, л. 223.] Тогда же начались и испытания 75 мм пушек, небольшими партиями прибывавших в Тулон до самой осени, а окончательное укомплектование корабля положенной по штату артиллерией завершилось лишь к 1 ноября 1907 г.Много хлопот доставило оборудование артиллерийских погребов, в конструкции которых выявились существенные недостатки, устраняемые непосредственно в ходе постройки. Так, по предложению старшего артиллериста лейтенанта Де-Ливрона в 8" и 6" погребах убрали деревянные прокладки между снарядами, затруднявшие вентиляцию и обслуживание боезапаса и не обеспечивавшие его надежное крепление во время шторма. Тогда же решено было отказаться и от тикового настила погребов из-за собиравшегося под ним большого количества влаги и заменённого уже в России на съёмные решётки.
Введение в 1907 г. в русском флоте новых удлинённых фугасных снарядов с повышенным содержанием взрывчатого вещества вынуждало проектировщиков ещё более сократить штатное количество боеприпасов как главного, так и противоминного калибров, уже «урезанное» ранее по причине наметившейся перегрузки. Чтобы сохранить боезапас в 110 выстрелов на ствол (норматив прежнего «Баяна»), в погребах обеих 8" башен разместили лишь по 55 фугасных снарядов вместо положенных по штату 77, заполнив оставшуюся половину гнёзд бронебойными. Несколько лучшим было положение в 6" погребах, где, благодаря применению французского способа укладки снарядов - непосредственно друг на друга с прокладкой из несмоленого троса, удалось увеличить количество боезапаса до 178 выстрелов вместо предполагавшихся 150.
Как и в случае с прототипом, в конструкцию «Адмирала Макарова» в ходе постройки вносилось множество изменений, не всегда, впрочем, реализуемых на практике. Так, ещё летом 1905 г. наблюдающий за постройкой капитан 2-го ранга Лазарев подал на имя начальника отдела сооружений ГУКиС рапорт, в котором указывал на необходимость усиления броневой защиты рулевых приводов крейсера. Идея прикрытия румпельного отделения вертикальной бронёй по проекту «Форж э Шантье», подкреплённая собственным боевым опытом старшего офицера крейсера «Новик» (получившего в сражении 27 января 1904 г. серьёзные повреждения и потерявшего на время способность управляться) была позитивно воспринята в МТК, признавшего в своем журнале от 23 августа 1905 г. за № 17 «желательным закрытие борта в кормовой части «Адмирала Макарова» броневыми плитами толщиной 50 мм на протяжении от 52 до 72 кормовых шпангоутов». 1 сентября по этому вопросу последовало положительное решение морского министра.
Дополнительные поясные плиты предполагалось наложить непосредственно на наружную обшивку безо всяких дополнительных изменений и переделок. Однако вскоре кораблестроительный отдел МТК, руководствуясь существенным дополнительным расходом (135,34 тыс. руб или 360 тыс. франков), трёхмесячной задержкой готовности и значительной перегрузкой, отменил своё решение, как «не вызванное настоятельной необходимостью... [в то время как] предлагаемый «Форж э Шантье» способ бронирования не оправдывается дополнительным расходом, который пришлось бы произвести названному заводу».[6
РГАВМФ, ф. 427, оп. 1, д. 1146, л. 125.]