Уже 27 октября, то есть еще до признаний, выбитых у лидеров тамплиерского братства, и, естественно, не зная о показаниях де Моле, Климент V в довольно суровых выражениях попенял французскому монарху на то, что он предпринял столь важный шаг, не посоветовавшись с апостольским престолом. Впрочем, Климент соглашался (хотя и в весьма туманной форме), что бывают случаи, когда светский государь сам принимает меры против еретиков для сохранения безопасности и спокойствия государства. Но в том, что касается прерогативы судить вышеозначенных еретиков, а тем более, если они относятся к духовному званию, — то это всегда было исключительным делом Церкви. А в конце своего письма к королю папа становится еще более откровенен: «...в ваших столь неожиданных действиях любой увидит — и не без оснований — оскорбительное презрение к Римской церкви и к нам лично». Таким образом, первой реакцией папы было возмущение самостоятельностью акции французской короны, столь серьезно затрагивающей и материальные, и юридические интересы католической церкви.
Столь резкая отповедь папы на некоторое время вызвала у Филиппа IV замешательство. Он прекрасно понимал, что с юридической точки зрения его позиция абсолютно уязвима, но сдаваться не собирался и, с целью потянуть время, затеял долгую переписку с Климентом по частным юридическим вопросам. Филипп признал, что поспешил с арестом, но этого требовали интересы безопасности государства; кроме того, при аресте и допросах всегда присутствовали инквизиторы — то есть представители церкви. Выбитые у тамплиеров признания дали в руки короля новые козыри, и он их
умело использовал для того, чтобы добиться главного
сохранения храмовников под арестом именно в королевских тюрьмах. Филипп категорически отказывался выпустить рыцарей Храма из заключения на все время разбирательства, хотя этого обычно требовали правовые нормы того времени. Взамен он соглашался с прерогативами папства и даже (скрепя сердце) согласился передать церкви захваченное имущество храмовников.
В конце концов и Климент, для которого спор с самым могущественным властелином христианского Запада был тоже весьма опасен во всех отношениях, решился пойти на уступки. Он, фактически, предал тамплиеров, согласившись с основным требованием Филиппа IV — оставить рыцарей Храма в государственных застенках. Климент V пошел на компромисс: пожертвовав тамплиерами, он сохранял главное — собственные прерогативы в отношении еретиков и духовных лиц любого звания. Светская власть не имела юридической компетенции в вопросах, принадлежащих к ведению церкви — на том и стоял старый и болезненный папа.
Споры о юрисдикции и достижение компромисса между апостольским престолом и королевской властью заняли немалое количество времени. Лишь к лету 1309 года папа сформировал кардинальскую комиссию, призванную разобраться в деле тамплиеров, а первый допрос арестованных храмовников кардиналы провели только в ноябре того же года. Но это вмешательство независимой от короля силы (однако, не вполне независимой, как показало время) вдохнуло в рыцарей Храма надежду на то, что их будут судить непредвзято и что судьба ордена еще не решена. Один за другим тамплиеры начинают отказываться от своих первоначальных показаний. Вскрываются факты жестоких пыток, применявшихся для выбивания нужных королевским чиновникам свидетельств виновности храмовников. К началу мая 1310 года почти шестьсот членов ордена признаются в том, что оговорили себя под влиянием пыток или под угрозой смерти. Комиссия кардиналов колеблется, а лучшие юристы из числа арестованных тамплиеров — Пьер де Болонья и Рено де Провен — начинают великолепную правовую атаку, направленную на полное оправдание ордена. Трехлетние усилия Филиппа IV по сокрушению тамплиерского братства грозят рассыпаться прахом. С этим король смириться не может и, как раз в тот момент, когда чаша весов заколебалась, наносит решающий удар.
Филипп воспользовался тем, что параллельно с кардинальской комиссией, занимавшейся определением виновности ордена в целом, индивидуальные дела тамплиеров находились в епископальном расследовании. И король сумел сполна использовать эту юридическую нестыковку Архиепископ Санский Филипп де Мариньи, брат королевского суперинтенданта* Ангеррана де Мариньи, человек, который был полностью обязан своим возвышением в церковной иерархии королю и своему брату, не испытывая никаких угрызений совести, исполняет тайный королевский приказ. 11 мая он объявляет пятьдесят четыре тамплиера, из числа отказавшихся от показаний, вторично впавшими в ересь и передает их королевскому правосудию для свершения позорной казни. Попытки кардинальской комиссии задержать казнь ни к чему не приводят, и 12 мая всех этих рыцарей Храма сжигают на костре в окрестностях Парижа. Так погибли наиболее стойкие защитники ордена.