Корсарские действия родосских братьев наносили огромный ущерб морской торговле исламского мира. Дело дошло до того, что купцы-мусульмане начали возить свои товары на христианских судах: это было намного безопаснее. Такое положение не могло не вызвать гнева могущественных мусульманских владык — помимо всего прочего, они упускали огромную прибыль, которую давал фрахт принадлежавших им кораблей. Родос для них был как кость в горле. Первыми попытку разгромить корсарское гнездо в Эгеиде предприняли египетские мамлюки. Дважды в сороковых годах XV века они отправляли экспедиции с целью захвата Родоса, но все эти попытки, не подкрепленные реальной военно-морской силой, были легко отбиты госпитальерами. Гораздо труднее пришлось иоаннитам, когда в дело вступила чрезвычайно усилившаяся Османская держава.
В 1480 году громадный османский флот (около двухсот кораблей) подошел к Родосу и полностью блокировал его гавань. Затем на сушу было высажено около шестидесяти тысяч воинов сухопутной османской армии. Турецкий султан Мехмед II — завоеватель Константинополя — требовал взять Родос во что бы то ни стало, и турки сделали все возможное, чтобы выполнить приказ своего повелителя. Штурмы следовали один за другим; порой положение становилось катастрофическим, но госпитальеры стояли насмерть. Пьер д'Обюссон, великий магистр ордена, сумел великолепно наладить оборону, и все приступы османов разбивались о родосские твердыни и мужество рыцарей. Наконец, после бесплодных трехмесячных атак, турки были вынуждены ретироваться. А смерть Мехмеда II и последовавший за ней династический спор на некоторое время отвратили от Родоса опасность новых нападений османов. Все изменилось после 1520 года, когда к власти в Стамбуле пришел новый султан — Сулейман, прозванный европейцами Великолепным. При нем Османская империя достигла максимальной мощи. И одним из первых крупных деяний этого султана стала осада Родоса в 1522 году. На этот раз экспедиция турок была подготовлена особенно тщательно. Был мобилизован почти весь турецкий флот, не исключая и торговые суда. Гигантская армада в семьсот кораблей, на которых Большой Мальтийский крест находилось около двухсот
тысяч человек (небывалые доселе числа для морских операций) обрушилась на Родос летом 1522 года. Командовал этой крупнейшей десантной операцией сам султан Сулейман, который поклялся, что возьмет остров любой ценой. Активное участие в этой новой осаде приняла и артиллерия, которая в то время была у турок одной из лучших в мире. Но и госпитальеры оказались неплохо подготовлены к нападению. Со времен первой осады были серьезно укреплены форты и башни, именно с учетом артиллерийского огня; крепость обладала солидными запасами продовольствия; стойким был и боевой дух родосских рыцарей, несмотря на двадцатикратное численное превосходство противника. И все же именно это преимущество в силах после семи (!) месяцев непрерывных атак и штурмов решило исход борьбы в пользу турок! Османы, имея почти неисчерпаемые людские ресурсы, могли постоянно менять контингенты штурмующих, в то время как иоанниты вынуждены были каждый раз напрягать все свои силы. Не в пользу ордена сложилась и ситуация в Европе, где две крупнейшие христианские державы — империя Габсбургов и Французское королевство — сошлись не на жизнь, а на смерть в войнах за Италию. Иоаннитам неоткуда было ждать помощи. В конце концов, когда Сулейман Великолепный предложил чрезвычайно почетные условия сдачи острова и крепости (госпитальерам разрешалось отплыть с сохранением оружия и знамен, а также погрузить на уходившие с Родоса корабли любые ценности), великий магистр ордена Вивье де Л'Иль Адан дал согласие на эвакуацию. Двухвековая родосская эпопея духовно-рыцарского братства завершилась.
В январе 1523 года родосские рыцари навсегда покинули свою вторую родину и в поисках пристанища отправились к берегам Италии. Ситуация напоминала 1291 год, но в каком-то смысле была для госпитальеров значительно хуже. Во-первых, за два прошедших века крестоносцы потеряли все свои владения на Востоке. Оставались только два христианских острова в этой части Средиземноморья — Крит и Кипр, — но они принадлежали венецианцам, с которыми у родосских рыцарей были весьма натянутые отношения из-за практики corso. Во-вторых, в Европе в это время набирала силу Реформация, и католические твердыни трещали по всем швам. Выше уже упоминалось, что Реформация в 1525 году фактически уничтожила Тевтонский орден; такая участь, бесспорно, могла грозить и ордену св. Иоанна. Наконец, огромные успехи турецкого оружия на суше и на море делали довольно проблематичной попытку отвоевания у них какой-либо подходящей территории, не говоря уже о самом Родосе.